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[問題] 請問進行細菌 真菌 及古細菌菌種鑒定 NGS或MOLDI

看板Bioindustry (生物科技)作者 (ININ)時間7年前 (2018/01/18 01:53), 7年前編輯推噓8(8推 0噓 17→)
留言25則, 4人參與, 7年前最新討論串1/1
請問進行細菌 真菌 及古細菌菌種鑒定時， 該選擇 NGS或MOLDI -TOF呢 送驗之樣本用這兩種方式測到不同的結果 故有此困惑，先感謝版大們之解惑了！！ ----- Sent from JPTT on my Sony G3426. -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 115.82.211.240 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Bioindustry/M.1516211590.A.5D8.html ※ 編輯: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 01:53:56 ※ 編輯: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 01:55:14 ※ 編輯: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 02:07:30
推
01/18 08:18, 7年前 , 1F
可以po到Biotech版問看看
01/18 08:18, 1F
推
01/18 12:36, 7年前 , 2F
NGS看基因體序列 MALDI-TOF看蛋白質 一般都先定序然後做Phy
01/18 12:36, 2F
→
01/18 12:36, 7年前 , 3F
logenetic tree去看看這些菌屬於哪一類
01/18 12:36, 3F
推
01/18 13:08, 7年前 , 4F
Maldi-tof 你目的要做什麼？前處理是？
01/18 13:08, 4F
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01/18 13:10, 7年前 , 5F
沒有target 就沒有特定要看什麼的話，
01/18 13:10, 5F
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01/18 13:10, 7年前 , 6F
你只會看到一些不知道是什麼的東西
01/18 13:10, 6F
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01/18 13:11, 7年前 , 7F
這些東西不只會是蛋白質
01/18 13:11, 7F
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01/18 13:12, 7年前 , 8F
maldi told 要看核苷片段也是可以的，需要比對數據庫
01/18 13:12, 8F
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01/18 13:13, 7年前 , 9F
看蛋白表現就需要水解，電泳或否，上機，比對資料庫
01/18 13:13, 9F
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01/18 21:49, 7年前 , 10F
感謝版大們回覆
01/18 21:49, 10F
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01/18 21:49, 7年前 , 11F
我送驗的樣本是含多種未知菌的複合樣本
01/18 21:49, 11F
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01/18 21:49, 7年前 , 12F
故先送NGS檢測後
01/18 21:49, 12F
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01/18 21:49, 7年前 , 13F
驗出其中有腸球蔨屬之糞腸球菌，於是委託廠商以腸球蔨屬
01/18 21:49, 13F
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01/18 21:49, 7年前 , 14F
的培養基分離，並再以malditof蛋白圖譜去鑑種作二次確認
01/18 21:49, 14F
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01/18 21:49, 7年前 , 15F
，結果打出來的93個點都顯示是另一種菌：耐久腸球蔨，接
01/18 21:49, 15F
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01/18 21:49, 7年前 , 16F
下來就卡關了 板大們建議以何種方式往下驗證呢？感激不盡
01/18 21:49, 16F
推
01/19 08:46, 7年前 , 17F
93個點 你是指maldi 的plate還是？以及處理方式？
01/19 08:46, 17F
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01/19 17:18, 7年前 , 18F
C大您好 感謝您 我剛剛與廠商確認了這個問題
01/19 17:18, 18F
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01/19 17:18, 7年前 , 19F
我們當時係以腸球蔨屬培養基上的colony們挑了93個點打哦
01/19 17:18, 19F
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01/19 17:18, 7年前 , 20F
第94個樣本以Ecoli當對照
01/19 17:18, 20F
推
01/19 17:36, 7年前 , 21F
活菌直接上機嗎？還是有萃取？前提是你選擇培養基上
01/19 17:36, 21F
推
01/19 17:38, 7年前 , 22F
colonies 是純菌株，然後有無萃取步驟或是直接混基
01/19 17:38, 22F
推
01/19 17:40, 7年前 , 23F
然後同一盤上面的點最好也挑去做colony PCR 確認一下
01/19 17:40, 23F
推
01/19 17:42, 7年前 , 24F
有種情況是看似single colony 但卻是重疊
01/19 17:42, 24F
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01/19 17:43, 7年前 , 25F
若不是，基本上Maldi都只能當作佐證；NGS就看做多深
01/19 17:43, 25F
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