[問題] Microarray 的 Clustering

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (統計的巴比倫塔)時間14年前 (2010/07/16 18:07), 編輯推噓2(207)
留言9則, 3人參與, 最新討論串1/2 (看更多)
想請問一下 我手上有三組 datasets 計算 Fold change (Log ratio) 後 每一組 set都可粗分為 7 群 -3倍以下 -3倍 ~ -1.5倍 -1.5~0 0 0~1.5 1.5~3 3以上 我們認為 FC > 1.5 是顯著 而 FC > 3 是強顯著 當我把三組 ratio 排起來做各種 distance 的 clustering 發現結果都很難解釋 請問我能否將以上 7 群 ratio data 轉換成 -3 -2 -1 0 1 2 3 這 7 種數字 然後避開幾何距離的分類 用無母數的方式 clustering? 因為我覺的這樣比較直覺 可是我找不到 paper 來 support 這種做法.... 誠心請教 -- -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.113.239.247

07/16 21:18, , 1F
你分群是想要看gene expression的pattern?
07/16 21:18, 1F

07/16 21:20, , 2F
用ratio來畫的話 gene之間用euclidean可能較適合
07/16 21:20, 2F

07/17 13:36, , 3F
看不懂你要做什麼 為什麼是用ratio value來做clustering?
07/17 13:36, 3F

07/18 03:20, , 4F
同意auymle...不過他硬要做的話 我想只能用euclidean了
07/18 03:20, 4F
我手上第一組 set , 是合作對象做的實驗 , 有 10 片 array --> FC_Ratio 1 另外兩組是 GEO 抓來的 , 跟我們類似的實驗 --> FC_Ratio 2 FC_Ratio 3 3 個 Ratio columns 合成一個矩陣 拿來比較相似度 本來我也覺得歐式距離是最佳選擇 但跑 HCL 後看起來還是很亂 Kmeans 更不合理 相關距離裡面跑最好的是 Kendall`s tao 但有點太粗糙 (大中小....XD) 這有點像是用 clustering 代替 Venn diagram 的感覺 ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (07/18 20:19) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (07/18 20:20)

07/19 09:54, , 5F
我猜它要的是實驗間的相似,而非各別gene的expression
07/19 09:54, 5F

07/19 09:55, , 6F
可能要對各組normalize到相同的based line才行
07/19 09:55, 6F

07/19 09:56, , 7F
什麼是無母數的方式clustering??
07/19 09:56, 7F

07/19 09:57, , 8F
把各組除以自行加總,或許比用ratio好.
07/19 09:57, 8F

07/19 10:01, , 9F
10片是不同的樣本,想要比較case&normal?
07/19 10:01, 9F
文章代碼(AID): #1CG2zv1W (BioMedInfo)
文章代碼(AID): #1CG2zv1W (BioMedInfo)