[問題] 如何下載NCBI 的搜尋結果 (大量資料)消失
以要搜尋 homo species 的 protein 序列來說，
在NCBI 選擇protein後，搜尋內輸入 txid9606[organism:exp]，
找到筆數約 459323，
直接以FASTA 再 send file 即可，
但對於過大的筆數，如本例，會很難下載到完整的。
於是寫信問 NCBI 的結果，提出建議使用eutils，
但是根據實測的結果，以及事後再詢問 NCBI ，
如果筆數過多，還是會有筆數不完整的問題 (少了幾百到幾千筆) \./
再寫信問，又建議下載 pre-formatted nr 加上 gi list，
利用 fastacmd 來截取 subset ，
試過之後，以 fastacmd –i gilist –d nr -o fasta 的結果，
居然有13 G之多，不曉得哪裡出問題了?!
想請問版上有經驗的人，是如何取得 NCBI 的特定物種序列呢 >"<
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
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