Accelrys/Pipeline Pilot整合平台課程(國家高速網路與計算中心開課)
課程名稱：Accelrys/Pipeline Pilot應用模組介紹與使用操作
上課地點：財團法人國家實驗研究院國家高速網路與計算中心/ 竹科B 教室
上課時間：2008/08/07 (四) ～ 2008/08/08 (五) AM09:30PM~16:30
上課總天數：2 天，共計 12 個小時
報名費用：一般人士/2,000元 ; 學生/1,000元
課程介紹：Accelrys/Pipeline Pilot應用模組介紹與使用操作：
Generic
GCG modules and components
Data Workflow Application
報名網頁：https://edu.nchc.org.tw/
軟體說明：http://accelrys.com/products/scitegic/
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Pipeline Pilot 系統特色：這是一套高速資料分析系統，因應了現代生物資訊研究者的
需求與延展性，利用功能組件(Functional Component)的組合與串聯，它結合了自動化的
數值運算、資料數值輸出、3D結構的立體呈現，更驚人的為Pipeline Pilot能結合他廠所
提供的軟體功能使其相容，讓研究人員能針對自己的需求，更精準與適切地利用模擬工具
達成研究結果的預測及縮短研發時程。
舉例而言，由研究人員到資料庫去搜尋有興趣之化學結構之後，一般必須將所搜尋的相關
結構加以存檔，存取適當的結構格式將之導入另一套軟體中進行結構模擬，另一頭若正進
行高速篩選(High Throughput Screening，HTS)的實驗時則亦需於高速篩選自動裝置下將
各小分子結構作結構構行分析與運算、各項運算子(Descriptors)迨結構構行逐一手動計
算後，再進一步逐一鍵入活性資料對應各小分子，此時將結構資料輸入Rational Drug
Design 軟體進行pharmacophore的產生，再將化學資料庫搜尋而來的結構資料與HTS的活
性資料至化學訊息類軟體(Cheminformatic Software)中進行比對分析，如無合適的New
Lead Compounds被搜尋到，導入各類型的結構資料庫作為新藥開發仍續繼續被執行以其先
新骨幹的小分子以利進行活性測試。這類型的問題亦即是我們所面對傳統型
(Conventional Predictive Modeling Technologies)預測軟體獨立執行運算及提供獨立
結果常會碰到資料轉換、規律性操作(Routine Processing)費時以及功能無法整合的基本
架構問題。
傳統型獨立軟體無法解決的瓶頸，透過Pipeline Pilot 的中介軟體(Middleware)的連結
與溝通，經由流程的設計與協定(Protocol)設計完整的將各式資料、結構、圖檔、搜尋引
擎、計算引擎導入於單一平台上進行各項應用的執行，快速架接開發研究的起始資料與研
究結果。
Pipeline Pilot系統架構介紹：Pipeline Pilot 的基本平台主要是一個資料分析（Data
Analysis）與資料採集（Data Mining）系統，應用範圍相當廣泛，使用者一經架接所需
的應用功能（In Pipeline Pilot 稱之為Components Collection），就能執行經由
Functional components組合的一連串的即時的運算與分析，這是為因應現今對於訊息分
析的大量需求所產生的系統，使用者本身可以擁有各式各樣的計算、分析、視覺化（
Visualizing）工具與計算引擎（Engines）進入Pipeline Pilot 的開放平台成為此系統
的Functional Components，組合客製化（Customized）與自動化（Automated）資料分析
串流（Data Analysis Pipelines）成為一個協定（Protocol），這個協定（Protocol）
會將一般軟體所無法達到的複雜多樣的計算即時地完成；計算分析與資料處理也不再僅限
於傳統資料系統的幾個輸出報表，Pipeline Pilot可以接收相當異質性的資料來源，甚至
在某一些架接組態時詢問使用者其衍伸性與其他已完成的資訊是否須導入等問題；在針對
資料結果的開放與分享上，Pipeline Pilot利用其“Web Services Package”來提供資料
處理（Data Processing）與分析協定（Ananlysis Protocol），簡易的設定讓使用者僅
需針對可進入讀取者、可利用此協定(Protocols and pipes)者作定義即可。
目前Pipeline Pilot所擁有之應用功能（Components Collection）分列如下：
☆ Sequence Analysis Collection
☆ R Statistics Collection
☆ Modeling Collection
☆ Chemistry Collection
☆ ADMET Collection
☆ Decision Trees Collection
☆ Imaging Component Collection
☆ Integration Collection
☆ Reporting Collection
☆ Text Analytics Collection
☆ SDK’s （Software Development Kits）
☆ Web Services Collection
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