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[問題]如何找到基因的reguatory elements?(緊急求救)

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (luke0205)時間16年前 (2008/12/11 10:57), 編輯推噓9(9推 0噓 25→)
留言34則, 5人參與, 最新討論串1/1
請各位大大解惑一下 現在我有段基因 miox myo-inositol oxygenase [bos taurus] 我要如何利用 vista or mvista 軟體去找出其 regulatory elements such as ORE, tonicity(tone) 還是有其它的網站可以利用 我有問朋友 他說可以從 osmotic response element or tonicity response element 下手 但其它的就不清楚.....但我還是搞不懂 請各位大大知道的話 解答一下 感激不盡!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 66.27.17.215
推
12/11 13:32, , 1F
第50跟第292篇有幫助嗎?
12/11 13:32, 1F
→
12/11 15:07, , 2F
謝謝,但還是有些搞不懂.pormoter means regulatory
12/11 15:07, 2F
→
12/11 15:09, , 3F
elements...? how about ORE or tonicity?
12/11 15:09, 3F
推
12/11 17:46, , 4F
TRANSFAC 不知道有幫助否? 應該是可以找此基因上游是否
12/11 17:46, 4F
→
12/11 17:47, , 5F
有regulatory elements. transcription factor 也有註解
12/11 17:47, 5F
→
12/11 17:47, , 6F
如果有ORE或tonicity相關的應該會寫出來吧！或者是拿已知
12/11 17:47, 6F
→
12/11 17:47, , 7F
的 align 來對對看
12/11 17:47, 7F
推
12/11 17:47, , 8F
你所謂的regulatory elements是指？cis- or trans-?
12/11 17:47, 8F
→
12/11 17:49, , 9F
anyway,我猜應該是想看cis-elements拉
12/11 17:49, 9F
推
12/11 17:49, , 10F
請問樓上的意思是 RNA 或 protein regulator 嗎?
12/11 17:49, 10F
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12/11 18:10, , 11F
protein regulatory..
12/11 18:10, 11F
推
12/11 20:30, , 12F
簡單來說 cis- 就是找binding site等motif
12/11 20:30, 12F
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12/11 20:31, , 13F
如果你有motif的PWM 就去把每個ORF的promoter掃一下
12/11 20:31, 13F
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12/11 20:31, , 14F
有match就代表"有binding的可能性" 再佐以其他資訊
12/11 20:31, 14F
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12/11 20:32, , 15F
就可以找出potential target genes了
12/11 20:32, 15F
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12/11 21:21, , 16F
感謝樓上替我回答了～
12/11 21:21, 16F
推
12/12 11:26, , 17F
cis跟trans看到我都模模糊糊..常常不知道在講什麼耶..XD
12/12 11:26, 17F
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12/12 13:23, , 18F
我拿我的研究來說明,cis 是exonic splicing enhancer
12/12 13:23, 18F
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12/12 13:24, , 19F
trans 是SR protein,當SR protein連結到exonic splicing
12/12 13:24, 19F
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12/12 13:26, , 20F
enhancer,則幫助splicsome辨識正確的splice site,
12/12 13:26, 20F
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12/12 13:27, , 21F
加強剪接作用,而exonic splicing enhancer是在pre-mRNA
12/12 13:27, 21F
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12/12 13:28, , 22F
序列上,它幫助exon發生剪接,SR protein是在pre-mRNA序列
12/12 13:28, 22F
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12/12 13:29, , 23F
外,不知道這樣解釋,可以理解嗎
12/12 13:29, 23F
推
12/13 12:18, , 24F
樓上的解釋可以理解，不過 cis 跟 trans 這兩個字用途非常
12/13 12:18, 24F
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12/13 12:20, , 25F
廣，也不限於解釋 regulatory。例如 sRNA regulation 有分
12/13 12:20, 25F
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12/13 12:20, , 26F
cis-encoded antisense RNA 跟 trans-encoded antisense
12/13 12:20, 26F
推
12/13 12:21, , 27F
RNA 等. 然後 cis 的意思是 sRNA (或 maybe microRNA也有?)
12/13 12:21, 27F
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12/13 12:22, , 28F
就正位於它所條控的基因的另一股。trans 則指它處。
12/13 12:22, 28F
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12/13 12:25, , 29F
另外記得有碰過 isomer 也講 cis/trans。
12/13 12:25, 29F
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12/13 12:29, , 30F
所以跟 context 蠻有關係的..跟老中講陰&陽差不多了.=.=
12/13 12:29, 30F
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12/13 12:30, , 31F
所以，我真的常常霧霎霎
12/13 12:30, 31F
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12/13 21:55, , 32F
其實cis粗略解釋是自發性,trans是相反,如果不是我做這題
12/13 21:55, 32F
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12/13 21:55, , 33F
目,說實話,我之前也搞不懂他們的關係
12/13 21:55, 33F
推
12/14 16:10, , 34F
我以前也是搞不清楚 直到在做相關研究才記清楚的...
12/14 16:10, 34F
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