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[問題] Protein<--> RNA 預測?

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (huggie)時間16年前 (2008/12/27 23:05), 編輯推噓5(5推 0噓 32→)
留言37則, 5人參與, 最新討論串1/1
我想要預測某 RNA chaperon 是否跟一些 RNA 有 interaction。 不知道有沒有這樣的工具？ 我是有看到 prediction of RNA binding site 例如 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17932917 不過不清楚那個是怎麼做的.. 我是假設 RNA chaperon 對 RNA 序列會有針對性 不知道這個認知對不對? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.160.62 ※ 編輯: huggie 來自: 140.129.160.62 (12/27 23:06)
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12/27 23:35, , 1F
如果是prediction,工具使用svm,他的作法是把已知實驗的
12/27 23:35, 1F
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12/27 23:36, , 2F
資料當成postive,未知的資料當成negative,之後找出有用
12/27 23:36, 2F
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12/27 23:36, , 3F
的屬性,去做預測,不過這些屬性一直都不好找
12/27 23:36, 3F
推
12/28 01:28, , 4F
樓上的觀念有點問題，請搞清楚 positive 跟 negative 的意義
12/28 01:28, 4F
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12/28 11:46, , 5F
補充:我比較關心有沒有 interaction 不在乎 site
12/28 11:46, 5F
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12/28 11:46, , 6F
不過這會不會是同一個問題呢...
12/28 11:46, 6F
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12/28 14:14, , 7F
恩,或許你可以解釋一下這兩個名詞的意義,讓我修正觀念
12/28 14:14, 7F
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12/28 14:15, , 8F
interaction太廣泛,畢竟人類要知道有無作用,還是要有
12/28 14:15, 8F
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12/28 14:16, , 9F
一個實質的作用發生,才會認定是interaction,你可以縮小
12/28 14:16, 9F
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12/28 14:19, , 10F
範圍,我不知道RNA chaperon的作用,不過有針對性的話,或
12/28 14:19, 10F
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12/28 14:20, , 11F
許可以找到可用的屬性,不過我的方法侷限在svm,我想
12/28 14:20, 11F
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12/28 14:20, , 12F
應該有其他辦法
12/28 14:20, 12F
推
12/28 23:10, , 13F
你知道chaperon的PSSM嗎? 如果有的話就可以用簡單的預測了
12/28 23:10, 13F
推
12/29 00:00, , 14F
我比較大的疑問是 chaperon會跟RNA interaction嗎?
12/29 00:00, 14F
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12/29 00:00, , 15F
我所知道的function都是跟protein有關耶
12/29 00:00, 15F
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12/30 21:18, , 16F
我看的是 E coli 的 Hfq. 有沒有PSSM? 我還不清楚
12/30 21:18, 16F
推
12/31 00:40, , 17F
應該都有，我看PDB裡面蠻多HFQ相關Protein
12/31 00:40, 17F
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12/31 00:41, , 18F
丟進PSI-BLAST應該就可以取得相關PSSM資料了
12/31 00:41, 18F
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12/31 00:44, , 19F
從外型看起來，HFQ應該是保護RNA的folding的Protein
12/31 00:44, 19F
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12/31 00:45, , 20F
(修正上面) HFQ在PDB並不多資料，只有七個結晶化資料
12/31 00:45, 20F
推
12/31 00:50, , 21F
然後HFQ應該只是針對sRNA相關
12/31 00:50, 21F
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12/31 01:09, , 22F
PSSM 不是應該從 sRNA 相對應的 domain 來做嗎?
12/31 01:09, 22F
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12/31 01:12, , 23F
我想知道哪些預測的 sRNA 序列可能會被 Hfq 辨認
12/31 01:12, 23F
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12/31 01:18, , 24F
好像有個 AU5G..不確定是某個案例還是 in general
12/31 01:18, 24F
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12/31 01:59, , 25F
講著講著講到我頭昏了..Hfq 其實除了 bind to sRNA 以外另
12/31 01:59, 25F
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12/31 02:00, , 26F
有 mRNA targets. 2004年的paper 說位置不是很確定就是了.
12/31 02:00, 26F
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12/31 02:00, , 27F
^^^^^^^^^^ 這指的是 sRNA 的 target 三個一起interact
12/31 02:00, 27F
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12/31 02:01, , 28F
我有興趣的是 mRNA 部分
12/31 02:01, 28F
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12/31 08:06, , 29F
OTZ搞半天原來你想找RNA相關
12/31 08:06, 29F
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12/31 10:41, , 30F
XD 我沒有講清楚..^^||
12/31 10:41, 30F
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12/31 10:52, , 31F
我頭腦也沒想清楚
12/31 10:52, 31F
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12/31 16:59, , 32F
意思是說,你想找出sRNA bind site那部份的序列嗎?
12/31 16:59, 32F
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12/31 17:01, , 33F
pssm會是一個辦法,RNA chaperon有什麼已知的現象嗎?
12/31 17:01, 33F
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12/31 17:03, , 34F
或是有什麼輔助的因子可以當你屬性,畢竟只靠pssm,你東西
12/31 17:03, 34F
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12/31 17:07, , 35F
還是太單薄,你目前用了多少屬性在上面?可以的話二級結構
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12/31 17:08, , 36F
我想你也考慮進去了吧,那剩下就是找找有沒有cis or tran
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12/31 17:09, , 37F
element 會影響這些結合,如果得知得話,這或許是一個方向
12/31 17:09, 37F
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