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[問題] 關於alignment

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (天→豬)時間15年前 (2009/07/30 01:44), 編輯推噓6(6推 0噓 15→)
留言21則, 6人參與, 最新討論串1/1
我有個軟體的問體想請問一下 我們平常比對序列用的軟體像是ncbi或是expasy之類的 它們大部份都會幫你的序列做最好的優化之後 再秀給你最大相似程度的比對圖 但是我今天如果是不想要它幫我做最好的優化 直接從第一個序列開始比對的話 不知道有沒有這種軟體的網站 或者是像在ebi那裡可以直接改參數呢?? 如果可以直接改的話~~不知道可以教我一下改那個就可以用了呢 p.s. 我完全沒寫過程式~都看不太懂上面的參數是什麼意思 只是想拿這工具來用就好~希望各位不要見怪^^" -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 118.170.207.224
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07/30 02:06, , 1F
我無法理解你的意思~ ncbi 本來就由第一條開始比呀~
07/30 02:06, 1F
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07/30 02:07, , 2F
還是說你要local align? or global align?
07/30 02:07, 2F
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07/30 02:08, , 3F
想了解那些參數意義 可以先看些align algorithm
07/30 02:08, 3F
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07/30 02:14, , 4F
我的第一個序列是指兩兩比對出來的第一個蛋白~~
07/30 02:14, 4F
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07/30 02:16, , 5F
不是第一條蛋白的意思~~軟體常幫我們加個"-"以達到最好
07/30 02:16, 5F
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07/30 02:17, , 6F
的相似程度~不過我如果不想要的話~不知道可以怎麼改呢
07/30 02:17, 6F
推
07/30 02:47, , 7F
不允許gap產生？
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07/30 03:22, , 8F
嗯嗯~~我不想充許gap產生~~直接兩兩從第一個比對下來
07/30 03:22, 8F
推
07/30 04:49, , 9F
很簡單 把gap penalty調到超大就行了 重點是你要知道原理
07/30 04:49, 9F
推
07/30 11:35, , 10F
gap penalty 調大會不會也不會從前面開始比? 有可能也是中
07/30 11:35, 10F
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07/30 11:35, , 11F
間一段..只是沒有 gap
07/30 11:35, 11F
推
07/30 21:07, , 12F
那就要改用global alignment軟體,然後把gap penalty 調大
07/30 21:07, 12F
推
07/31 07:53, , 13F
上面說的是正確的
07/31 07:53, 13F
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07/31 10:03, , 14F
我會建議不要用ncbi的做~ 他的做法會切成小片段
07/31 10:03, 14F
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07/31 10:04, , 15F
為了改善這樣的事情 我後來採用wu-blast 參考看看囉~
07/31 10:04, 15F
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07/31 10:05, , 16F
我上面那句就是huggie大所擔心的事~ 記得學長有跟我說
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07/31 10:05, , 17F
可以將window size調整就可以改善 不過後來我還是用
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07/31 10:06, , 18F
wu-blast來做 還有nogap這樣的參數可以設置
07/31 10:06, 18F
推
07/31 11:08, , 19F
wu-blast 已經被買走了，沒法下載囉..
07/31 11:08, 19F
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08/02 22:45, , 20F
嗯~ freebsd似乎可以直接用post裝 試看看吧~
08/02 22:45, 20F
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08/02 22:46, , 21F
要是還沒法~ 那我找看看我的檔案再放出來下載
08/02 22:46, 21F
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