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[工具] Accession ID 的轉換消失

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者時間15年前 (2009/08/10 18:58), 編輯推噓2(2推 0噓 6→)
留言8則, 2人參與, 最新討論串1/1
我想將 Flybase 中的FASTA ID 做一些轉換， 目的是 FBppxxxx 轉成 SwissProt:Qxxxx 或 TrEMBL:Qxxx 這種格式。 但是找不到來源支援 FBpp 的ID Mapping程式， PIR 或 UniProt 提供的線上轉換都是要 FBgn (gene) 的格式才行， 所以只好考慮先將 FBpp 轉成 FBgn 。 問題來了，來源 FBgn 沒問題， 但是結果都只能轉成 Uniprot (SwissProt+TrEMBL) 的ID， 所以想請問有哪個程式可以轉成 SwissProt 或 TrEMBL 的? 或是可以把 Uniprot ID 分成 SwissProt 或 TrEMBL 的嗎?? 謝謝了~~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
推
08/10 20:53, , 1F
googleKeyword = 'Biomart'
08/10 20:53, 1F
→
08/10 22:09, , 2F
biomart: dataset 如果我選uniprot跟Drosophila melanogaste
08/10 22:09, 2F
→
08/10 22:10, , 3F
其中uniprot 的Status選 : UniProtKB/TrEMBL的話，會是空的
08/10 22:10, 3F
推
08/11 17:33, , 4F
Dataset: Drosophila melanogaster genes (BDGP5.4)
08/11 17:33, 4F
→
08/11 17:35, , 5F
Filters: Gene -> ID list limit -> Select your format
08/11 17:35, 5F
→
08/11 17:35, , 6F
Attributes: Features -> External -> Choose you want
08/11 17:35, 6F
→
08/11 22:19, , 7F
原來是在第二組設定，大感謝! 以為是交集，所以在第一組設定
08/11 22:19, 7F
→
08/12 13:53, , 8F
好怪，如果選 flybase 5.4的話跑不出結果，只有BDGP的可以
08/12 13:53, 8F
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