[問題] 請問 illumina beadArray 的 data 格式

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者gsuper (統計的巴比倫塔)時間15年前 (2010/01/26 21:38)推噓2(2推 0噓 3→)

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1. 請問 beadArray 的 rawData 是什麼檔案格式? (比方說 affy 的起點是 cel 檔居多) 2. 然後就是 illumina自己出的 "beadStudio" 是一定要用的嗎? 3. "beadStudio" 是否已改版成 "genomeStudio"? 4. 若想用 R 分析 , 要從哪種檔案格式開始? 5. 我在 GEO 抓了一份資料(用SNPs為關鍵字) , 請問以下的 data 是否為 SNPs array? 因為我感覺跟我幻想的一堆 ATCG 的 data 有點出入 , 所以很不確定 ID_REF 5498 Detection Pvalue 5499 Detection Pvalue 5481 ILMN_1802380 429.55 0 532.21 0 512.98 ILMN_1893287 57.94 0.22 60.38 0.22 59.47 ILMN_1736104 49.29 0.78 49.25 0.87 60.55 ILMN_1792389 106.03 0 70.48 0.03 58.97 ILMN_1854015 67.46 0.03 68.09 0.04 58.89 ILMN_1904757 51.43 0.64 53.8 0.63 60.49 ILMN_1740305 49.82 0.76 50.94 0.8 48.68 ILMN_1665168 42.01 0.99 51.03 0.79 53.87 ILMN_2375156 70.55 0.01 93.58 0 86.54 聽起來都不難查不過我查不到完整的流程想跟大家求點輪括性的概念萬分感激 -- -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.113.239.247 ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (01/26 21:57) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (01/26 21:58) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (01/26 21:58) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (01/26 21:58) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (01/26 22:00)

推

hajimels

01/26 23:18, , 1^F

01/26 23:18, 1^F

→

hajimels

01/26 23:19, , 2^F

01/26 23:19, 2^F

目前是看到兩種 data type 1. bead-level data (raw data) 2. bead summary data (after BeadStudio 處理) 可是我不能確定這是 SNPs array data 或是 gene expression profile data 又或是 Both R軟體的 paackges 都只做 data(xxxxx) 我沒有看到有提供實體檔案的而且我也不知道在 GEO 上哪些 data 是我要抓的好苦惱阿 ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (02/01 17:43) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (02/01 17:46) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (02/01 17:47)