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[工具] NCBI可以查基因的註解嗎

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (我很快)時間13年前 (2011/05/16 01:11), 編輯推噓0(0推 0噓 7→)
留言7則, 2人參與, 最新討論串1/1
最近因為研究需要基因上的註解資料 譬如給定一個人類上的基因 那有辦法在NCBI上 查詢到這個基因Exon和Intron間的註解是哪些核甘酸嗎? PS: 我目前只想到利用ClustalW 以此基因的序列當作reference sequence 來和此基因的mRNA作多重序列比對 不知道這樣得到的splice site會正確嗎?? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 111.252.74.169
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05/16 19:58, , 1F
記得沒錯~ 你先將此序列調出來後 可以看GenBank file
05/16 19:58, 1F
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05/16 19:59, , 2F
這樣應該可以調的到 protein seq.
05/16 19:59, 2F
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05/22 16:46, , 3F
但我要的是在EXON和INTRON間的DNA序列 用protein seq反推回DNA?
05/22 16:46, 3F
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05/24 09:59, , 4F
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/mapview/
05/24 09:59, 4F
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05/24 10:00, , 5F
試看看裡面有沒有gene model標註的gff檔然後再推出你
05/24 10:00, 5F
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05/24 10:02, , 6F
要的intergenic data (我先前以為你要protein seq.去
05/24 10:02, 6F
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05/24 10:02, , 7F
反推~ XDD
05/24 10:02, 7F
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