Fw: [問題] 連鎖不平衡的計算

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者gsuper (數理統計-九陽真經)時間13年前 (2011/11/06 19:42)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ [本文轉錄自 Statistics 看板 #1EjMcjPu ] 作者: gsuper (數理統計-九陽真經) 看板: Statistics 標題: [問題] 卡方檢定的交互作用時間: Sun Nov 6 00:51:51 2011 ### R code x <- matrix(c(10,4,7,3,12,1,5,2,20),3,3) print(x) 　　　AA AG GG (SNP1) ---------------- TT | 10 3 5 | | | TC | 4 12 2 | | | CC | 7 1 20 | ---------------- (SNP2) ################################################ 在以上的 table 中可以很明顯的看到 AA 時常伴隨 TT AG 　　伴隨 TC GG 伴隨 CC 因此兩個 SNPs 的基因型之間似乎有某種關聯性 (高相關性) ##################################################### 首先基本的是卡方檢定 or 費雪檢定 > chisq.test(x) Pearson's Chi-squared test data: x X-squared = 32.7978, df = 4, p-value = 1.314e-06 ****************************** > fisher.test(x) Fisher's Exact Test for Count Data data: x p-value = 1.734e-06 alternative hypothesis: two.sided ################################################# 另一種資料格式 y <- rbind(cbind(rep("TT",18), c(rep("AA",10),rep("AG",3) ,rep("GG",5 ))) , cbind(rep("TC",18), c(rep("AA",4) ,rep("AG",12),rep("GG",2 ))) , cbind(rep("CC",28), c(rep("AA",7) ,rep("AG",1) ,rep("GG",20))) ) 可以往以下方向發展 1. ANOVA 2. Logistic regression 3. simple correlation ################################################## 但九宮格內暗藏陷阱 SNP1 , AG type 　　　 AA AG GG A allele : 45.3% ------------------------------ G allele : 54.7% (major allele) |全 = 10 |全 = 3 |全 = 5 | | | | | AA genotype : 45.3% TT |AT = 10 |AT = 3 |GT = 5 | AG genotype : 25.0% |AT = 10 |GT = 3 |GT = 5 | GG genotype : 42.2% | | | | -----------------------------| |全 = 4 |全 = 12 |全 = 2 | | |AT = a | | TC |AT = 4 |AC = b |GT = 2 | |AC = 4 |GT = 12-a |GC = 2 | | |GC = 12-b | | -----------------------------| |全 = 7 |全 = 1 |全 = 20 | | | | | CC |AC = 7 |AC = 1 |GC = 20 | |AC = 7 |GC = 1 |GC = 20 | | | | | ------------------------------ SNP2 , TC type T allele : 42.2% C allele : 57.8% (major allele) TT genotype : 28.1% TC genotype : 28.1% CC genotype : 43.8% ############################################# 從以上的 table 可以得知當兩個 SNPs 的異型合子比例越大 a 與 b 的影響越大上述的計算方法會失準而且當兩者的異合子比例同時都很大時統計結果會導致完全的 misleading! ############################################# 計算９格的 Haplotye 頻率分佈 #(九格) ---------------- Hap1(AT) | 27 + a | Hap2(GT) | 15 + (12-a) | Hap3(AC) | 19 + b | Hap4(GC) | 43 + (12-b) | ---------------- 若忽略中間 cells , 計算８格的 Haplotye 頻率分佈 #(只算8格) % ---------------------- Hap1(AT) | 27 | 30.0 | Hap2(GT) | 15　　| 14.4 | Hap3(AC) | 19 | 18.3 | Hap4(GC) | 43 | 41.3 | ---------------------- ################################################## 問題: 是否存在某種最大概似機率可以用上述的各種頻率資料估計 a 和 b 的最可能個數 ? 因為標準的 r^2 或 D' 都需要計算一個 D D = Obs_freq( Hap4[GC] ) - Exp_freq( Hap4[GC] ) 而 Hap4[GC] 的數量又必須要有 a 或 b 值才能計算 -- 祭頌后靈的騎士道與白主教穩守黃金鄉邊境兵躁動自高自大妄入堡壘黑主教冷靜人格分裂籠城王與雙子戰塔一籌莫展掌握無限的魔女喚醒躺下的靈魂 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.113.239.247 ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 00:53) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 00:58) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 00:59) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 01:01) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 01:13) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 01:26) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 01:27)