Fw: [問題] Haplotype 的 EM 演算法報表解讀

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者gsuper (Logit(odds))時間12年前 (2012/11/19 17:05)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ [本文轉錄自 Statistics 看板 #1GgV7qYI ] 作者: gsuper (Logit(odds)) 看板: Statistics 標題: [問題] Haplotype 的 EM 演算法報表解讀時間: Mon Nov 19 16:46:40 2012 ================================================================================ Haplotypes ================================================================================ snp1 snp2 snp3 hap.freq 1 1 1 1 0.00952 2 1 1 2 0.04884 3 1 2 1 0.90899 4 1 2 2 0.01023 5 2 1 1 0.00219 6 2 1 2 0.00874 7 2 2 1 0.01078 8 2 2 2 0.00070 ================================================================================ Details ================================================================================ lnlike = -1454.425 lr stat for no LD = 1072.72 , df = 4 , p-val = 0 ----------- 我餵給 R 的 haplo.stats::haplo.em() 3 個 genotypes 他跑出來的結果有兩項重點 1. 8種 Haplotypes 的組合 , 以及其估計頻率 2. p-value of log likehood test ----------- 作者對 p-value 的解釋如下 The final log likehood statistic and the lr stat for no LD, which is the likelihood ratio test statistic contrasting the lnlike for the estimated haplotype frequencies versus the lnlike under the null assuming that alleles from all loci are in linkage equilibrium. 看來看去 , 我還是不能理解 , p-value 顯著究竟代表 1. 有連鎖不平衡 2. 沒有連鎖不平衡實在是搞不清楚 Null hypothesis 是哪個懇請有經驗的高手指點我自己是這樣解讀 "顯著" = "並非所有 genotypes 之間都具有連鎖不平衡的效應" -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.113.239.247 ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/19 16:47) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/19 16:47) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/19 16:55) ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ※ 轉錄者: gsuper (140.113.239.247), 時間: 11/19/2012 17:05:58 正解 ---------------------------------------------------------------- H0 : 在 N 個 SNPs 的 data space 中 , 沒有觀察到任合一組 LD pair Ha : At least one pair of SNPs are LD ---------------------------------------------------------------- ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/22 15:13)

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