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[問題] 請教unifrac

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (zz)時間10年前 (2014/03/26 15:51), 編輯推噓0(0推 0噓 7→)
留言7則, 1人參與, 最新討論串1/1
各位大大好, 因為小的正在研究關於unifrac 有些疑問, 想請教板上大大... 由原文(UniFrac: a New Phylogenetic Method for Comparing Microbial Communities) 提到的先建立phylogenetic tree然後根據這個tree, 兩兩communities取出 再去計算shared&unshared的branch length就可以得到unifrac value 因為小的資質努頓, 不太能理解文中的branch length是如何得到的? 還請各位前輩提點, 謝謝! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 120.126.92.50 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/BioMedInfo/M.1395820268.A.0C0.html
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03/30 16:04, , 1F
兩個不同的 16s rRNA seq , 比較他們的 similarity
03/30 16:04, 1F
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03/30 16:05, , 2F
越相近者,就代表演化距離越相近,原因在於16s rRNA突變率低
03/30 16:05, 2F
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03/30 16:05, , 3F
假設取了 N 隻細菌的序列 , 就可計算出 similarity matrix
03/30 16:05, 3F
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03/30 16:07, , 4F
with NxN space size
03/30 16:07, 4F
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03/30 16:08, , 5F
懶得講了 總之branch length 差不多就是aligment score
03/30 16:08, 5F
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03/30 16:08, , 6F
或是你自定義的 similarity 計算方式
03/30 16:08, 6F
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03/30 16:09, , 7F
兩者的差異在於要不要突顯出 deletion 與 insertion 的罰分
03/30 16:09, 7F
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