[問題] 利用SRA資料庫預測siRNA位置

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (lucia)時間10年前 (2014/04/24 15:55), 編輯推噓3(304)
留言7則, 3人參與, 最新討論串1/1
各位生資高手們!小妹有問題,老闆要我利用NCBI上SRA的資料庫(GSO number GSE42966),利用基因序列 ( accession X14591) 做blast預測siRNA並製作下網址paper的圖,但我對這根本不了解,比對資料庫只會跑出35nt的平均序列,我要的21nt序列為何比對不到呢?參數設定也沒看到長度選項@@ 最終得到序列後就是要製圖,請問這篇paper的Fig. 5要用什麼軟體製作呢? http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2164-14-63.pdf 麻煩各位解答,感激不敬! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 101.8.238.7 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/BioMedInfo/M.1398326126.A.F56.html

04/26 23:58, , 1F
笑死我了 你看看你最後一個字 自稱小妹 更頗呵
04/26 23:58, 1F

04/27 01:43, , 2F
親愛的gsuper,哈笑完了可以幫幫我解決問題嗎?感謝^^
04/27 01:43, 2F

04/28 12:50, , 3F
siRNA 21nt大概就是miRNA那樣的長度 這是mature form
04/28 12:50, 3F

04/28 12:52, , 4F
你說的Accession Number我找不到東西
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04/28 12:55, , 5F
我剛才無聊隨便拿一個miRNA mature form sequence
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04/28 12:56, , 6F
用blastn對 有釣出該miRNA的precursor阿
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04/28 12:57, , 7F
我想你釣出的序列可能是precursor form吧
04/28 12:57, 7F
文章代碼(AID): #1JMCDkzM (BioMedInfo)
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