[程式] Illumina sequence adapter QC_clipper

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者miecho (殊途同歸)時間9年前 (2015/07/15 00:08)推噓1(1推 0噓 1→)

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各位先知先進大大好小弟我目前正在努力研究 NGS data 做 metatranscriptomic 上在處理 data alignment 前利用fastx-toolkit 做QC的動作時候 data中在經由FastQC 工具發現序列中有大量 adapter 存在似乎影響QC結果於是想利用fastx-clipper做'切除'的動作但未果!! 以下用test seq 來表示: test.fastq ---- @test1 CCTTAAGGAAAAAAAAAAGGGGGGGGGG +test1 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test2 CCTTAAGGAAAAAAAAAGGGGGGGGGGG +test2 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test3 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG +test3 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test4 CCTTAAGGTTGACGTGATCGACACCTGG +test4 [[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[ ---- 我所用的command line: fastx_clipper -v -a CCTTAAGG -i test.fastq -o test Clipping Adapter: CCTTAAGG Min. Length: 5 Input: 4 reads. Output: 1 reads. discarded 0 too-short reads. discarded 3 adapter-only reads. discarded 0 N reads. test ---- @test3 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG +test3 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ---- 另外不管是用 fastx_clipper -k -a CCTTAAGG -i test.fastq -o test 或 fastx_clipper -n -a CCTTAAGG -i test.fastq -o test 得到的結果都只是濾掉而不是做切除 @test1 [CCTTAAGG]AAAAAAAAAAGGGGGGGGGG +test1 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test2 [CCTTAAGG]AAAAAAAAAGGGGGGGGGGG +test2 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test4 [CCTTAAGG]TTGACGTGATCGACACCTGG +test4 [[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[ 請問這個工具就是只會做過濾的工作沒辦法做到切除adapter嗎? 如果沒辦法，我是不是要把過濾出來的sequence 檔案拿出來做另外處理(取代)即可或是有另外工具可以處理掉呢? 另外結果 report 中 Clipping Adapter: CCTTAAGG Min. Length: 5 Input: 4 reads. Output: 1 reads. discarded 0 too-short reads. discarded 3 adapter-only reads. discarded 0 N reads. << 這一行在我的data中也會有一些seq被過濾這一行的過濾動作是什麼意思? 問題有點多，也沒有查到需求的資料上來問問先進先知先謝謝各位的幫助了! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.248.28.32 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/BioMedInfo/M.1436890128.A.94A.html