Fw: [求救] DNA annotation相關軟體

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (夏天一到就凸顯自己很魯)時間6年前 (2017/07/17 17:13), 編輯推噓2(202)
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※ [本文轉錄自 Biotech 看板 #1PR7uv6q ] 作者: keroromoa (夏天一到就凸顯自己很魯) 看板: Biotech 標題: [求救] DNA annotation相關軟體 時間: Mon Jul 17 17:07:02 2017 小弟剛踏入dry lab沒多久, 老師在和我聊過後認為我需要優先培養dry lab相關的sense, 目前小弟的計畫是關於建立與整合mutation sequence database, 並進行annotation相關的工作。 在這裡想請教各位熟悉大數據相關annotation的前輩, 想要尋找能夠一次進行數千筆甚至數萬筆以上sequence的annotation相關的軟體, 要從什麼方向或關鍵字切入尋找(以提供在linux上進行的open source為主)? 目前從PubMed一些review paper看到的資料大都像blast系統一樣, 一次只能input幾個sequence。 謝謝~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 163.25.93.81 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1500282425.A.1B4.html ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ※ 轉錄者: keroromoa (163.25.93.81), 07/17/2017 17:13:10

07/18 01:38, , 1F
你應該是要annotate mutations對吧?那麼可以使用
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annovar, SnpEff, 或者 Variant Effect Predictor.
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試試 DNArails Genomics Platform https://www.dnar
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07/20 09:36, , 4F
ails.com
07/20 09:36, 4F
文章代碼(AID): #1PR7-err (BioMedInfo)
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