看板 [ BioMedInfo ]
討論串[問題] 非模式生物用RNA做NGS後續分析的方式
共 4 篇文章
內容預覽： 開啟 | 關閉 | 只限未讀
首頁
上一頁
1
下一頁
尾頁
#1
[問題] 非模式生物用RNA做NGS後續分析的方式
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者cji4cjp6 (阿QQ)時間10年前 (2014/08/13 17:29), 編輯資訊
1
0
1
內容預覽:
各位好，我最近開始接觸NGS的實驗，做了RNA seq和De novo. 可是定序回來之後十幾萬筆的資料讓人眼花撩亂. 想請教有沒有人也做過類似的實驗或有分析的經驗可以分享?. 在得到結果後，實驗室老闆說他那邊有幾套軟體可以去做分析. 可是在基本設定的部分就遇到了很大的問題. 在最低值的部分要設多少
(還有234個字)
#2
Re: [問題] 非模式生物用RNA做NGS後續分析的方式
推噓0(0推 0噓 2→)留言2則，0人參與, 最新作者liuse (充實自己，提昇自己)時間10年前 (2014/08/15 05:34), 編輯資訊
1
0
1
內容預覽:
假設你是把de novo assembled transcirptome當reference來做RMA-seq mapping的話. 我會建議用這幾套軟體(大同小異)做differential expression analysis. DESeq2, edgeR, or limma/voom. 都是
#3
Re: [問題] 非模式生物用RNA做NGS後續分析的方式
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者hajimels (阿一)時間10年前 (2014/08/17 02:07), 編輯資訊
1
0
1
內容預覽:
你這裡是在指什麼? P-value? FDR?. 如果是指p-value, FDR 沒有設多少的問題 那就是只是機率. 你了解sequencing嗎? 表現量有很多表示方法 RPKM/FPKM, Raw counts等等. 有沒有特殊意義 當然有...... 這問題是要針對你的實驗來討論. 分析數據
(還有415個字)
#4
Re: [問題] 非模式生物用RNA做NGS後續分析的方式
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者cji4cjp6 (阿QQ)時間10年前 (2014/10/07 12:29), 編輯資訊
0
0
1
內容預覽:
我這邊指的是RNAseq拼貼時找不到序列的時候 數值為0 但我的軟體不接受0這個數字. 所以不是機率 而是最低值 或者說是接受被納入計算的最小值是多少?我這邊表現量是使用FPKM目前還在努力看懂這部分的東西書念得還不夠多....感謝了. --. 很囧 我想睡覺. --. ※ 發信站: 批踢踢實業坊(
首頁
上一頁
1
下一頁
尾頁