Re: [問題] 非模式生物用RNA做NGS後續分析的方式
※ 引述《cji4cjp6 (阿QQ)》之銘言：
: 各位好，我最近開始接觸NGS的實驗，做了RNA seq和De novo
: 可是定序回來之後十幾萬筆的資料讓人眼花撩亂
: 想請教有沒有人也做過類似的實驗或有分析的經驗可以分享?
: 在得到結果後，實驗室老闆說他那邊有幾套軟體可以去做分析
: 可是在基本設定的部分就遇到了很大的問題
: 在最低值的部分要設多少?
: 因為軟體不接受0的存在，但沒有表現基因的部分要設多少?
: 看了許多paper0.001,0.01,0.1都有人設
: 做表現量filter的時候有沒有要把多少以下的cut off算是常用的值?
: 或者是那些值有沒有特殊的意義?
: Fold change的時候也是不知道設多少比較好
: 後來我就隨自己喜歡的用以下設定
: 0.1=最低值 filter=5 再用50倍Fold change
: 得出來的分析結果很漂亮，分群也很像很符合預期
: 可是不知道該怎麼解釋這些數值的邏輯...
: 拜託有沒有人知道那些值到底要設多少才好啊?
假設你是把de novo assembled transcirptome當reference來做RMA-seq mapping的話
我會建議用這幾套軟體(大同小異)做differential expression analysis
DESeq2, edgeR, or limma/voom
都是R的package，簡單好用
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