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Re: [問題] 電腦模擬蛋白質製藥的需求?

看板Bioindustry (生物科技)作者 (lo)時間12年前 (2013/11/19 22:21), 編輯推噓9(9推 0噓 40→)
留言49則, 5人參與, 最新討論串2/14 (看更多)
如果你用現在上市的藥, 用電腦模擬去算,分數一定不是最高的 如果把電腦設定成"上市藥物"為最高分的參數,拿來跑,設計出來的藥物,活性通常不高 我想這就是困境。 不知道到現在為止,有沒有藥物是真的由模擬出來的。 電腦模擬就是模擬,不一定準。 ※ 引述《piimaila (肥仔)》之銘言： : 想請問, 蛋白質製藥預測的整體解決方案 : 例如: : 利用電腦軟體預估 以下課題 : 多醣體抑制癌症能力(中研院) : 這種是否有實用性和市場? : 或市面上已經有類似廠商? : 當然, 這只是預測, 不可取代人體實驗 動物實驗等 : 但可以大量的減少實驗範圍. : 弊人想投資類似公司, 但是由於才疏學淺 : 故來此詢問各位先進和專家, 這類型的服務是否有前景呢? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 114.35.116.226
推
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同感
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推
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同意。但是有些binding pocket看得到，卻很難設計assay。
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這時候只能靠電腦模擬找出最佳的結構了。
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好多年前有一個德國的group號稱找到一個新的binding pocket
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可以用來設計藥物治療flu，好像也沒有聽見後續成果出來 XD
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事實上, 大部分用電腦模擬 僅限論文, 而事實上是可用
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在低成本取代高通量篩選上, 電腦模擬目前會沒成果
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大多是製藥門檻實在過高, 模擬者又大多是學生之流
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自然不太會有啥成果
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只是, 光以物理學來說, 電腦模擬是可行的, 目前只卡在
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需要動物實驗人體實驗等, 做為初步篩選理當可行才是
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如果結合醫藥生技, 理論上應可以做製藥的前端不是?
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就是讓藥物都已經理論確定, 藥廠只要做動物和人體實驗
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大藥廠也有在做預測啊，但是你最後還是要跟HT篩到的藥一起比
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因為後續實驗的成本太高，時程太長，加上科技日新月異。
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HT的效率越來越高。電腦預測相對就沒有優勢了。
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在前端捨棄HT節省的成本，可能在後面細胞實驗或者動物實驗
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就要吐出來。HT篩到的藥經過最佳化後通不過動物實驗的也很多
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但是預測的方式可以給我們一些information 比如大概哪些
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core structure的compound比較有希望 當你在看HT篩出來的結
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果的時候，就會心裡有底
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甚至一個compound在HT篩到，電腦又預測到，那就很有希望了
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推
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HT跟Modeling都只是藥物設計的一小段....後面還有漫漫長路...
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推
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相對的後面有太多的ADMET-directed structure modification
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由於跟enzyme binding無關，不論是HT或Modeling都看不出來~
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推
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所以我說如果piimaila您的公司可以把這個系統做得又快又好
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大廠不止會外包他們的計劃 甚至會直接買斷您的公司
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但前提是您的公司要有獨門技術，不能只是買套裝軟體回來跑..
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推
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Accelrys
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推
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瞭解了^^ 感謝各位先進的回答
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對了 我想問一下, 為啥要重複做呢? 電腦預測事實上
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是採用簡單的物理原則而已, 換言之, 電腦預測不到
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或者說預測試失敗的藥物, ht無論如何此藥物也不可能
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結合成功不是? 所以如果電腦預測夠快, 應該在ht之前?
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甚至可以說, 電腦預測成功ht就必定成功, 這樣若電腦預測
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速度比ht快, ht就可以不用做不是?
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ht預測成功的範圍, 有可能小於電腦預測的範圍嗎?
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推
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這是很好的問題。問題有兩個：
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1. 用來做model的蛋白質結構是否完全正確？
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2. 你的資料庫裡面的compound是否足夠多？
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恩, 換言之, 電腦預測要實用, 前提必須蛋白質完全正確
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且配體要夠多且正確, 我可以這樣理解嗎?
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如果能達到以上兩點, 事實上HT可以完全不做, 如果不能
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ht還是無法省略的程序. 是否如此呢?
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推
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理論上是這樣。但是你還要考量compound-protein binding
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的環境，subcellular localization，其他protein的參與
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modeling省略的東西太多，HT則是直接找有活性的compound
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我是不認為最終有用modeling取代HT的一天。
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還有，你也必須要先知道那個pocket真的是重要的 XD
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