Re: [問題] 請問有人會使用Image J來自動算細胞嗎？

看板Bioindustry (生物科技)作者MartianIT (Martian Institute Tech)時間4年前 (2020/05/07 09:33)推噓2(2推 0噓 1→)

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這個照片很多colonies沒在焦平面上而且不知道你染色的方法是? 很多colonies旁邊有一圈halo 你是用INT之類去染活細胞嗎? 染色染太久了嗎? 以前我算3D mammalian cell colonies in soft agar 是用DSLR縮光圈拍這樣整層soft agar的所有colonies都清楚一般的gel camera光圈都太大景深很淺焦平面外的colonies模糊千萬別用顯微鏡拍因為生物顯微鏡鏡頭景深太淺 working distance也不夠遠就算是2X物鏡 0.5X延伸筒接相機加上高階相機(full frame)也沒有機會拍下整個6-well 電子業常見的inspection microscope可能是個好選擇或許dissecting microscope也可以但相機(面積)要夠大而且低階的dissecting microscope視野周邊通常變形嚴重你可以試試看啦拍攝的彩圖(灰階照片亦可)匯到Iamge J去數 Image J的步驟是: 1. 圓形圈選工具手動圈選well範圍 (離well邊緣留下一點餘地不選因為well的陰影容易造成後續binnary誤判) 2. 留下圈選的well 去除圈選範圍外面的區域 3. Binnary工具將照片改成黑白 (black and white) 4. Watershed工具分離相鄰的colonies 5. 用counting工具自動計算colony數目匯出colony number，size，及area % (我會調整計算的colony大小範圍 e.g. pixel^2 可以過濾染色雜訊) ※ 引述《spongeJa (化學最帥)》之銘言： : 如題， : 最近被丟了兩大疊加藥後的細胞照片 : 想用Image J來自動計數細胞（比較有效率） : 但附近的人都沒有人會使用 : 有爬文看教程，但實際操作起來就是很怪 : 沒辦法像學長一個一個慢慢點出來的數量一樣正確 : （他點900多，我用Image J跑出來600多） : 不知道是不是因為沒有用顯微鏡去拍照 : 導致畫面不平整、細胞沒辦法完整呈現出來 : 拜託各位大神救援一下QQ : （這是其中一盤的照片） : https://i.imgur.com/ALF1krs.jpg