[問題] Gene Ontology分析軟體

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (妳的微笑)時間16年前 (2008/10/17 11:08), 編輯推噓3(303)
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各位前輩.... 小的目前從事蛋白質體的實驗,利用質譜對菌株進行蛋白質修飾的研究 現在得到大量的protein ID,想對這些不同的蛋白做Gnen Ontology的分析 我現在想用Blast2GO、BiNGO Cytoscape plugin做分析 但對這類軟體使用方式完全不懂,研讀過一些相關的說明 但仍摸不著頭緒 不知道各位前輩有沒有使用過這一類的軟體,可以給小的一些指點,謝謝 -- 如果時間可以停留的話 就讓我永遠留在你身邊吧! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.109.65.236

10/17 13:01, , 1F
我只有稍微玩過中研院的 GOBU,堪用,但不是非常的好用
10/17 13:01, 1F

10/17 13:02, , 2F
input檔案如果有錯也不會提醒..繼續run下去結果就會很奇怪
10/17 13:02, 2F

10/17 21:22, , 3F
除了GO外還有想做PPI嘛?不然並不需要你說的工具便可分析
10/17 21:22, 3F

10/17 21:23, , 4F
biomart->IPI轉HGNC Symbol->DAVID 就好了
10/17 21:23, 4F

10/17 21:24, , 5F
IPI轉GeneSymobl也可以直接download IPI的xref
10/17 21:24, 5F

10/17 21:24, , 6F
用M$ Excel的vlookup便可以自行對映
10/17 21:24, 6F
文章代碼(AID): #18-06Rkr (BioMedInfo)
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