Re: [問題] 請問如何去找基因的promoter region? ꐠ…

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者hajimels (阿一)時間16年前 (2008/06/01 22:51)推噓0(0推 0噓 2→)

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※ [本文轉錄自 Biology 看板] 作者: hajimels (阿一) 看板: Biology 標題: Re: [問題] 請問如何去找基因的promoter region? ꐠ… 時間: Mon Mar 10 23:52:29 2008 ※ 引述《oboe1981 (toxic)》之銘言： ※ 引述《teddybear209 (慧慧林)》之銘言： : 【問題】■虷韞h找基因的promoter region? 又如何去找其上面可能的transcriptio factor? : 謝謝 : 【問題起因】： : 【個人看法】： (1)genomic walking (2)EMSA or Gel shift -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 118.170.13.225

推

BUSTARD

03/10 23:17,

03/10 23:17

chromosome walking可以找出candidate position of gene 如果透過walking找出基因的位置再透過序列分析找出transcriptional start site 或推出第一個ATG 反推upstream應該就可以找出upstream

推

BUSTARD

03/10 23:20,

03/10 23:20

→

BUSTARD

03/10 23:20,

03/10 23:20

假設你今天己經你要分析的gene為known的小弟則建議您可以先用生物資訊方法來看看有哪些putative的 TFBS 找到後可以再用前面2位板友提供的方法加以驗證另外ChIP應該也可以拉但我覺得你要先知道putative的TFBS比較好去做那生資工具要怎麼用呢? 1. 先找到你的基因的gene symbol (利用http://www.genecards.org 可以找到) 2. 到Biomart (http://www.biomart.org) 3. 先選上方黃色bar的 "MartView" 3-1. 先決定你的dataset 以人類為例: Ensembl 48 gene -> H.Sapiens genes NCBI36 3-2. 左方filters 點一下 -> 右方選 "Gene" -> 將 ID list limit打勾 -> 接著填入你的gene id 切記要去選你的id為什麼樣的格式! 3-3. 再來點左方的 Attributes -> 右方選sequence -> 下方的sequence選 flank gene (TSS為0) or flank coding gene (第一個atg為0) -> 再勾upstream 填入你想看幾個bp 3-3-1. head information 為fasta格式中 ">" 後的註解 e.g. >Gene A|Esemblid=XXXXX|XXXXXX <-此行為註解 atactatacgatttcccgggaatt 3-4. 再按右上方黑色的result 3-5. 恭喜你就順利取得該gene的upstream sequence了 4. 到 http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess 在中間 Search DNA for Binding Sites 右方填入你的sequence p.s. 若你有填email他分析好會寄信跟你說分析好了 5. 接著TFBS資料的判讀可能你要自己看一下說明我這邊不太方便一次講完QQ 以上個人淺見請多指教囉實驗的認知有錯也請見諒...因為我是待dry-lab的... -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【今晚的天空有一顆流星劃過在預言著什麼】|> -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 163.25.118.137 ※ hajimels:轉錄至看板 Biotech 03/10 23:54

推

teddybear209

03/11 12:46,

03/11 12:46