[工具] 大家都會的結構生物資訊工具---結構顯뤠…

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者starcloud (傷心嗎?)時間16年前 (2008/06/03 00:30)推噓11(11推 0噓 3→)

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首先這系列文章在閱讀之前在下有先假設幾個前提如果您發現你對下列的前題有點困惑的您依然可以看下去只是可能會有些地方不太了解希望各位多多包涵假設一、您已經知道蛋白質的3D結構資訊要從哪邊獲得假設二、不一定會寫程式但是至少知道甚麼是程式假設三、對蛋白質的一到四級結構 20個胺基酸有粗淺的認識假設四、視力正常不管事矯正前還是矯正後 OK 以下開始進入正文 ---------------------------------------------------------------------------- 對剛進入生醫資訊這部分領域的人而言，如果你想走跟蛋白質有關的研究一定有一天會遇到分析蛋白質結構問題，甚至正確來說，結構就像是一面巨大的牆如果善用他他可以使你的研究往上爬得更高但是如果忽略他可能妳的研究就是架構在空中的樓閣般沒有說服力假設今天妳要分析一個蛋白質而他有3D結構那最重要的第一件事就是看用眼睛看用眼睛分析用你本人的對生物的Domain Knowledge 做最初步的分析 (以上是台灣生物資訊協會某任會長說的) 這個時候你就需要一個很好的結構顯像工具目前為止檯面上的相關工具大概是多如牛毛從RasMol,VMD,Swiss-PDBviewer, Chime, Cn3D都各有各的優缺點論觀察分子動態分子模擬 VMD的強大功能是做適合的 Rasmol古老但是基本很多老師都是從這個入少簡單不吃資源 Swiss的介面以及一些簡單的選項設計可以讓人直接用點點點來做事 Chime真的很美很漂亮 Cn3D 是做Docking的首選如果考慮的網路顯像工具以及一些具有同樣功能的軟體就更五花八門了 PS. Matlab裡面也有一套可以做分子顯像的工具那既然如此我為何要學pymol? 因為站在我的經驗上我認為他是一個很平衡的工具他可以撥放分子動態這點除了VMD外沒人可比他夠漂亮含OpenGL 這點大勝其他的相關工具他內含一組簡單的程式你可以像EXCEL的巨集一樣編寫自己的script 他用python寫的很多都是直譯程式檔你可以試著更改創造屬於自己的pymol 他內部的功能完整基本上你需要的他都有他甚至內含一個小小的分子模擬功能讓妳可以做簡單的Docking 故考慮到初學者的話 Pymol是很適合拿來做入門的軟體先看這個網頁 http://delsci.com/rel/099/ 你可以從這裡下載他的0.99版 1.0版以後要收錢不過聽說買的不是很多我不想要她倒所以我就買了網頁裡面有說明文件講得很詳細絕對比我用文字敘述好所以我只講幾個簡單的注意事項 ------先寫到這裡休息一下 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.114.214.30