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[問題] 非模式物種的Synteny

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (Keep Working)時間16年前 (2008/06/07 17:53), 編輯推噓2(2推 0噓 5→)
留言7則, 2人參與, 最新討論串1/1
目前手邊有一段DNA序列 約100Kb 想和其他物種之間的相似區域做Synteny的比較 但在皆非模式生物的情況下(一些online工具通常都是針對人、老鼠或其他模式生物) 請問有何較方便的方法可以進行分析呢 希望有經驗的版友提供經驗 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.60.201
推
06/07 18:58, , 1F
你需要的是大尺度的序列比對軟體, 這有很多
06/07 18:58, 1F
→
06/07 19:00, , 2F
我以前用過Mummer和pattern hunter,還有國產的FLAG,
06/07 19:00, 2F
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06/07 19:01, , 3F
不過這些都很久了,剛隨手找到一個M-GCAT你看看合不合
06/07 19:01, 3F
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06/07 19:02, , 4F
BMC Bioinformatics 2006, 7:433
06/07 19:02, 4F
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06/07 19:04, , 5F
看一下fig 3和 fig 4是不是你要的東西
06/07 19:04, 5F
推
06/07 19:10, , 6F
另外其實最基本的BLAST+Artemis(ACT)也能做,只是很慢
06/07 19:10, 6F
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06/09 13:07, , 7F
多謝!!! 我試試
06/09 13:07, 7F
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