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[問題] BLASTZ

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (^_^)時間15年前 (2009/03/30 23:25), 編輯推噓8(8推 0噓 19→)
留言27則, 4人參與, 最新討論串1/1
想請問用過BLASTZ的版友，該怎麼執行BLASTZ@@"" 他的source code: http://bio.cse.psu.edu/ 我看起來應該是在命令提示字元下鍵入 "blastz sequence1 sequence2 C=3 T=2 Z=10 > blastz.out" 但是沒有blastz.exe，附檔名只有.c、.h的 總覺得是我沒安裝好？ 我是直接把code下載下來解壓縮。 用BLASTZ會對我的論文幫助甚大，懇請版友能給我一點知識Orz.. -- 這些是我看過的ref！ http://www.csie.ntu.edu.tw/~kmchao/seq05fall/BLASTZ.ppt http://genome.cshlp.org/content/13/1/103.abstract http://bio.perl.org/wiki/LAV_alignment_format http://www.psc.edu/general/software/packages/blastz/ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 218.174.41.39
推
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要自己compile
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推
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有ncbi包好的吧 @_@
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推
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可以到ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/
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抓blast-2.2.20-ia32-win32.exe
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樓上BLAST!= BLASTZ 差一個z差很多~不過都是alignment
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謝謝版大的回覆，blastz跟blast不同，算是Gap blast的一種
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03/31 00:27, , 7F
請問compile該如何做呢@@?
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推
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oh sorry 我沒看清楚
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推
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compile的話 我不知道windows下怎麼做 我只知道linux下的
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linux下的話 有gcc cpp automake就可以用make這個指令來
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compile 方法就是 解開source code之後 在那目錄下直接打
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make 就會自己compile好blastz
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忘記說gcc cpp automake都是linux下的package
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一般當做workstation的機器都應該會有裝
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推
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想想 其實不是很確定有沒有需要automake 如果有錯請告訴我
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推
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windows的話 有vc系列的應該都可以complier 不過怕的
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是要是有些套用到perl F77等其他的東西時就得需要用
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minGW or cygwin之類 類unix的os輔助~
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推
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windows下 google "MinGW" ps. vista下會有點問題 = =+
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阿 樓上有寫了XDD 那我再補充一個nmake.exe (M$自己的
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嗯恩！謝謝大家的回答，也謝謝好心的強者幫我架了server
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我會繼續嘗試用cygwin解決的～！
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補一個解釋output檔的網頁給來者查詢:)
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也還在摸索中~~~感謝各位:D
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nmake.exe 記得好像還是要搭配gcc之類的編譯器
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嗯..那些還真的超過我現在能理解的範圍@@"(btw我是vista orz)
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