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[問題] 如何搜尋與motif相關的樣本資料?

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (潁玥)時間14年前 (2010/04/14 18:29), 編輯推噓1(1推 0噓 14→)
留言15則, 4人參與, 最新討論串1/1
想請問一下各位高手，哪裡可以找到尋找與MOTIF相關比對樣本?!並有motif的答案!! 只想針對ATCG四個鹼基作探討! 或是如何在PubMed、EBI、NCBI、EMRL....等搜尋與Motif相關的比對樣本? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.127.189.99
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04/14 23:05, , 1F
比對序列資料的話,blast.如果是三級結構的話,很難去比
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※ 編輯: karlsxxkimo 來自: 140.127.189.99 (04/15 16:30)
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04/17 19:31, , 2F
我發現我看不懂你的問題。"與MOTIF相關比對樣本"?
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04/17 19:32, , 3F
通常motif這個字是用在protein motif上。DNA序列大部分是
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04/17 19:33, , 4F
用regulatory element之類的字。當然也不是完全沒有人講
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04/17 19:33, , 5F
DNA motif 啦。
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04/19 12:38, , 6F
去看看 MEME 這個軟體
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04/20 22:52, , 7F
其實NCBI裡面只負責收集序列,motif有很多種,你應該是先
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04/20 22:53, , 8F
確定你要哪種motif,ex:ESE or ESS,這樣才會找到資料
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04/20 22:54, , 9F
meme其實比較算是拿篩選過後的序列去預測motif,真的要
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04/20 22:55, , 10F
用它,還是要先搞懂自己到底想幹麼,要什麼資料?
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04/20 22:57, , 11F
真實實驗的資料?預測的資料?pfam or meme是不錯的預測
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04/20 22:58, , 12F
軟體,但是前提是你的目的是什麼?不要亂搞,會延畢的
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推
04/25 03:29, , 13F
如果你說的是DNA binding protein(TF等) 的binding motif
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04/25 03:29, , 14F
可以到TRANSFAC之類的資料庫找PFM資料 然後用PATSER做scan
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04/25 03:30, , 15F
重點還是請把想問的問題說清楚..
04/25 03:30, 15F
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