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[工具] 如何知道 BLAST output 所屬的species

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (Mr.ㄡ)時間12年前 (2012/06/07 02:41), 編輯推噓2(2推 0噓 7→)
留言9則, 5人參與, 最新討論串1/2 (看更多)
請問BLAST的小問題 我現在想要知道我用blast之後 (against nr database) 所output出來的每條sequence 各是屬於哪個species 我知道如果用default的output format 他會秀出 >gb|AAT93342.1| YPR002C-A [Saccharomyces cerevisiae] 裡面就會包含species的資訊 但是如果我想要用-m 8這種 tabular 的output format 就只會得到 sp|Q06127|YL334_YEAST gi|74644934|sp|Q06127.1|YL334_YEAST 100.00 126 0 0 1 126 1 126 8e-48 193 sp|Q06127|YL334_YEAST gi|74644557|sp|Q96VH1.1|YC018_YEAST 73.44 64 15 1 14 75 21 84 2e-06 55.8 sp|Q06127|YL334_YEAST gi|158564315|sp|Q6B0V7.2|YPR02_YEAST 68.75 64 18 1 14 75 2 65 2e-04 49.7 sp|Q06127|YL334_YEAST gi|51014097|gb|AAT93342.1| 70.31 64 17 1 14 75 2 65 2e-04 49.7 第二欄這樣的id 雖然有些可以從id直接看出species 但仍有許多無法直接辨識 我想請問是否有人知道如何讓blast output出簡潔的資料 但又要包含species的資訊 又或者 gi|74644934 這個GenBank Identifier該要如何轉換呢? 是否有tool或是對應表? 感謝!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.109.22.146 ※ 編輯: Zing119 來自: 140.109.22.146 (06/07 03:03)
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06/07 14:33, , 1F
我用很笨的方法是自己先paser subject的fasta 抓對應
06/07 14:33, 1F
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06/07 14:43, , 2F
但我是比對NR database 並不是自己的database..
06/07 14:43, 2F
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06/08 10:14, , 3F
昨天我有幫你看過~ 不管新舊BLAST都沒這功能 tool我記
06/08 10:14, 3F
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06/08 10:15, , 4F
得好像有 要找看看......
06/08 10:15, 4F
推
06/11 01:18, , 5F
還是用python,perl寫parser把default format裡的資料
06/11 01:18, 5F
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06/11 01:20, , 6F
一個個抓出來呢?,比對gid找species應該也是要寫parser
06/11 01:20, 6F
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06/11 01:21, , 7F
把需要的資料撈出來,感覺怎麼作還是得寫parser..
06/11 01:21, 7F
推
06/12 18:42, , 8F
用bioperl parse你要的資料 會很有效率的
06/12 18:42, 8F
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10/04 07:46, , 9F
-outfmt '6 sseqid'看是否可以帶出來
10/04 07:46, 9F
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