[問題] 關於 Haplotype 的變數設計
我手上的資料如下
是一般的 genotype data
-------------------------------
SNP1 SNP2 SNP3
GG AA AC
AA TT AC
AA AA CC
. . .
. . .
. . .
-------------------------------
而我在學 haplo.stats (R 的 package)
發現他的 haplotype data 如下
每兩個 columns 是1個 SNP
> geno
loc-1.a1 loc-1.a2 loc-2.a1 loc-2.a2 loc-3.a1 loc-3.a2
[1,] 2 3 4 9 28 27
[2,] 1 10 2 5 1 13
[3,] 2 11 1 10 6 28
[4,] 1 2 5 5 1 13
[5,] 2 5 6 9 20 22
[6,] 1 1 3 5 2 13
[7,] 10 12 2 10 1 29
[8,] 9 2 10 9 13 13
[9,] 10 11 2 2 1 7
我不明白的是
SNP 一般不都是 A allele + B allele 共兩種事件
為什麼它的變數 , 每個 column 會有很多種事件???
求大家幫幫我
真的是想破腦袋了還是想不出來
救命
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.113.239.247
※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 22:04)
推
11/19 17:56, , 1F
11/19 17:56, 1F
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