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討論串[問題] 關於blast的用法
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#1
[問題] 關於blast的用法
推噓2(2推 0噓 2→)留言4則，0人參與, 最新作者hgsfhevil (evil)時間16年前 (2008/07/02 21:52), 編輯資訊
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我知道blast是用來做序列比對的. 但是有人知道blast可以用來"去除"序列相似度高的序列嗎?. 我目前知道cd-hit可以這樣做. 如果知道的話,可以先告訴我這指命嗎?. 謝謝大家. ps:看來最近一堆人忙著趕論文,沒時間發問了. --. ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc). ◆ Fr
#2
Re: [問題] 關於blast的用法
推噓0(0推 0噓 1→)留言1則，0人參與, 最新作者hgsfhevil (evil)時間16年前 (2008/07/03 21:25), 編輯資訊
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恩,我主要是要做出non-redundancy的東西. 我主要是做cluster的步驟. 今天老師示範blastcluster. 有人知道他要如何設e-value嗎?. 大家,給我的東西,我會盡力玩玩看,問老師可不可以用?. ps:好累,好想睡覺. --. ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
#3
Re: [問題] 關於blast的用法
推噓0(0推 0噓 6→)留言6則，0人參與, 最新作者hgsfhevil (evil)時間16年前 (2008/07/07 11:49), 編輯資訊
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不好意思,請問blastcluster要如何使用下e-value指命. 跟一般blast的指命好像不一樣,. --. ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc). ◆ From: 140.138.155.220.
#4
Re: [問題] 關於blast的用法
推噓3(3推 0噓 8→)留言11則，0人參與, 最新作者hgsfhevil (evil)時間16年前 (2008/07/11 21:21), 編輯資訊
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抱歉,又打擾大家. 之前是找到設定e-value的方法. -c config.txt. config.txt 裡面放入-e 0.00001. 不過,後來發現,他根本起不了作用. 請問有經驗的人,要如何設定e-vlaue的值ㄋ. 下面是我下的指令:. ./blastclust -i input fil
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