Re: [問題] 關於blast的用法

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (evil)時間16年前 (2008/07/11 21:21), 編輯推噓3(308)
留言11則, 5人參與, 最新討論串4/4 (看更多)
抱歉,又打擾大家 之前是找到設定e-value的方法 -c config.txt config.txt 裡面放入-e 0.00001 不過,後來發現,他根本起不了作用 請問有經驗的人,要如何設定e-vlaue的值ㄋ 下面是我下的指令: ./blastclust -i input file -o output file -p F 目前,老師是要我試著下e-vlaue指令 請問有經驗的大家,如何做ㄋ ps: -S -L 目前老師沒有要求, >~<好急阿,來個好心人吧 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 118.169.56.6

07/12 00:05, , 1F
參數直接加上-e不就可以了?
07/12 00:05, 1F

07/12 00:29, , 2F
不是blast,而是blastclust
07/12 00:29, 2F

07/12 07:02, , 3F
恩,是blastclust,其實,我會來這發問,因為我發現下多小都
07/12 07:02, 3F

07/12 07:03, , 4F
沒有作用,真的很苦惱
07/12 07:03, 4F

07/12 20:45, , 5F
-c -e
07/12 20:45, 5F

07/13 03:36, , 6F
喔喔 不好意思我沒看清楚
07/13 03:36, 6F

07/14 11:15, , 7F
我標題沒打好,也算是我的失誤,
07/14 11:15, 7F

07/14 23:49, , 8F
你要不要考慮把出來的結果事後用perl作parse會比較快...
07/14 23:49, 8F

07/15 07:57, , 9F
你的意思是用blastn or blastp產生出來的結果,
07/15 07:57, 9F

07/15 07:58, , 10F
產生出來的結果,之後用bioperl做parser?我懷疑老師
07/15 07:58, 10F

07/15 07:58, , 11F
我這樣做
07/15 07:58, 11F
文章代碼(AID): #18Trv5sc (BioMedInfo)
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