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討論串[問題] 有關phylogenetic tree的問題
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#4
Re: [問題] 有關phylogenetic tree的問題
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者mengyichen (死小胖)時間19年前 (2006/06/15 18:11), 編輯資訊
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沒有一定在那個層次. 比如說，在你這次的計算結果中，藍色可能在門的層次. 而綠色可能在目的層次……. 我之前在推文裡說的「階層不平行」就是這個意思. 這個功能似乎受限於GenBank 序列的內的分類階層順序，還蠻無言的. 不過其實也蠻好用的，很直覺，只是不合學理罷了. 就一般的演化樹來說，你可以看它
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#3
Re: [問題] 有關phylogenetic tree的問題
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者hikarujun (Hikaru)時間19年前 (2006/06/15 17:02), 編輯資訊
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你好呀 謝謝你的回答^^. 所以同種顏色是同樣"物種分類"嗎. 可是不知道同樣分類指的是再哪一個層次相同呢? (ex:界門綱目科屬種..). 似乎不是"同種" 因為我自己做query的結果. 有不同物種 但顏色仍是相同 不過隸屬於同一目. 另外想請問 你有提到相似程度可由branch length
(還有64個字)
#2
Re: [問題] 有關phylogenetic tree的問題
推噓0(0推 0噓 4→)留言4則，0人參與, 最新作者mengyichen (死小胖)時間19年前 (2006/06/14 13:38), 編輯資訊
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我點了Tree view網頁上方Sequence Label旁的問號來看(不用真的點，游標放在上面即可)有一句話這麼說. The color of the leaf node indicates the Blast Name of the sequence.. 於是我就在下方選單選了「Sequenc
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#1
[問題] 有關phylogenetic tree的問題
推噓2(2推 0噓 0→)留言2則，0人參與, 最新作者hikarujun (Hikaru)時間19年前 (2006/06/13 15:55), 編輯資訊
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大家好. 我用BLAST比對序列間的差異. 然後檢視其phylogenetic tree. tree上的每個節點有不同的顏色. 請問實際代表的意義是什麼呢. 我猜可能是跟相似程度有關. 但不同的顏色分別代表什麼樣的意義呢. 我查過說明文件和上網搜尋 但都沒有找到. 希望知道的版友能餵我解惑 謝謝.
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