Re: [問題] 有關phylogenetic tree的問題

看板Biotech (生命科學)作者mengyichen (死小胖)時間19年前 (2006/06/15 18:11)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《hikarujun (Hikaru)》之銘言： : 你好呀謝謝你的回答^^ : 所以同種顏色是同樣"物種分類"嗎 : 可是不知道同樣分類指的是再哪一個層次相同呢? (ex:界門綱目科屬種..) 沒有一定在那個層次比如說，在你這次的計算結果中，藍色可能在門的層次而綠色可能在目的層次…… 我之前在推文裡說的「階層不平行」就是這個意思這個功能似乎受限於GenBank 序列的內的分類階層順序，還蠻無言的不過其實也蠻好用的，很直覺，只是不合學理罷了 : 似乎不是"同種" 因為我自己做query的結果 : 有不同物種但顏色仍是相同不過隸屬於同一目 : 另外想請問你有提到相似程度可由branch length 來看 : 但在tree上的距離多近代表他們具有一定相似程度就一般的演化樹來說，你可以看它的scale bar的單位是什麼就像比例尺一樣，你可以回推你要看的節點間的branch length 然後大概知道這兩個序列間的差異多大至於多相似才叫做有一定的相似程度這就要看你的目的是什麼了對我來說，演化樹提供了一個概觀若想知道兩條序列間有多相似，我還是會回頭去看alignment 另外，你在做blast的時候，blast的結果不是會告訴你，你的query和subject間有多相似嗎? 只要留心alignment的長度和位置，這也是一個相當有用的信息 : 或者是說有沒有一個依據讓我們知道在tree上怎麼樣的距離 : 代表序列上怎麼樣的相似程度呢就是scale bar囉，注意其genetic distance的定義即可你可以去下載一個很好用的免費軟體 MEGA 3.1 只要將要分析的序列先用clustal做好multiple alignment後用MEGA開啟這個aln檔，再轉成mega自己的格式就已經有很多演化樹的演算法可以玩了 : 謝謝你不用客氣 : ※ 引述《mengyichen (死小胖)》之銘言： : : 我點了Tree view網頁上方Sequence Label旁的問號來看(不用真的點，游標放在上面即可) : : 有一句話這麼說 : : The color of the leaf node indicates the Blast Name of the sequence. : : 於是我就在下方選單選了「Sequence ID (Blast Name)」 : : 我用的query sequence是2894208(GI number) : : 是Mycobacterium tuberculosis這種細菌中預測的蛋白質 : : 我發現藍色的節點都一樣是細菌的蛋白質 : : 而綠色的節點則是病毒的蛋白質 : : 所以我猜應該是用來標示序列來源的「物種」分類 : : 不是，相似程度可由branch length 來看 : : 不用客氣，這個功能若不是因為你的問題，否則我也不會注意到 : : 其實每隔一陣子，NCBI都會將它的網頁功能推陳出新 : : 像這個功能我就覺得真的蠻好用的，如果不是要做嚴格的親緣分析的話 : : 可以省掉整理dataset的麻煩 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.59.197