Re: [問題] 有關phylogenetic tree的問題

看板Biotech (生命科學)作者hikarujun (Hikaru)時間19年前 (2006/06/15 17:02)推噓0(0推 0噓 0→)

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你好呀謝謝你的回答^^ 所以同種顏色是同樣"物種分類"嗎可是不知道同樣分類指的是再哪一個層次相同呢? (ex:界門綱目科屬種..) 似乎不是"同種" 因為我自己做query的結果有不同物種但顏色仍是相同不過隸屬於同一目另外想請問你有提到相似程度可由branch length 來看但在tree上的距離多近代表他們具有一定相似程度或者是說有沒有一個依據讓我們知道在tree上怎麼樣的距離代表序列上怎麼樣的相似程度呢謝謝你 ※ 引述《mengyichen (死小胖)》之銘言： : ※ 引述《hikarujun (Hikaru)》之銘言： : : 大家好 : : 我用BLAST比對序列間的差異 : : 然後檢視其phylogenetic tree : : tree上的每個節點有不同的顏色 : : 請問實際代表的意義是什麼呢 : 我點了Tree view網頁上方Sequence Label旁的問號來看(不用真的點，游標放在上面即可) : 有一句話這麼說 : The color of the leaf node indicates the Blast Name of the sequence. : 於是我就在下方選單選了「Sequence ID (Blast Name)」 : 我用的query sequence是2894208(GI number) : 是Mycobacterium tuberculosis這種細菌中預測的蛋白質 : 我發現藍色的節點都一樣是細菌的蛋白質 : 而綠色的節點則是病毒的蛋白質 : 所以我猜應該是用來標示序列來源的「物種」分類 : : 我猜可能是跟相似程度有關 : 不是，相似程度可由branch length 來看 : : 但不同的顏色分別代表什麼樣的意義呢 : : 我查過說明文件和上網搜尋但都沒有找到 : : 希望知道的版友能餵我解惑謝謝 : 不用客氣，這個功能若不是因為你的問題，否則我也不會注意到 : 其實每隔一陣子，NCBI都會將它的網頁功能推陳出新 : 像這個功能我就覺得真的蠻好用的，如果不是要做嚴格的親緣分析的話 : 可以省掉整理dataset的麻煩 -- 我當然書寫自己必須說出來的唯一一回事該如何面對我的時代、我的生命裡的難題 http://www.wretch.cc/blog/hikarujun -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.115.216.157