[課程] Amber分子動力學訓練課程
網址: https://edu.nchc.org.tw/course/one_course_introduction.asp?lms_auto_course_id=2005&from_course_list_url=homepage
課程編號： NE-2012-CB01
課程名稱： Amber MD 軟體訓練課程
課程領域： 生物
相關領域： 無
上課方式：
上課地點： 台中/新竹/台南
上課時間： 2012/8/6 (一) ～ 2012/8/7 (二) 09:30 ～ 16:30
上課總天數： 2 天，共計 12 個小時
招生日期截止(含)： 2012/08/02 (四) 17:00
最後繳費截止(含)： 2012/08/03 (五) 05:00
最後回報繳費截止(含)： 2012/08/05 (日) 17:00
提供午餐： 是
招生人數： 6 ～ 20 人
講師：
國家高速網路與計算中心 王焰增 先生
慈濟大學 - 醫學資訊所 詹鎮熊 博士
報名費用：
一般人士 1200 元
學生 800 元
課程介紹：
Amber是著名的分子動力學軟體，用於蛋白質、核酸、糖蛋白、藥物設計等著名生物計算模擬軟體，
AMBER軟體亦可結合現今相當著名量子力學軟體GAMESS/ TERACHEM/ GAUSSIAN09/ NWCHEM/ORCA
進行量子力學/分子動力學(QMMM) 結合運算，此等方法可以更精確預測藥物分子或生物分子之間結合型態(binding modes)。
本訓練課程主要目的為：
(1) 訓練學員基礎分子動力學/量子力學理論。
(2) 訓練學員AMBER基礎使用方法。
(3) 訓練學員AMBER計算藥物分子或蛋白質分子結合自由能計算方法。
(4) 訓練學員AMBER 結合量子力學計算方法。
課程內容安排：
(1) 分子動力學/量子力學理論介紹：
(1.1) 分子動力學力場
(1.2) 動力學積分法
(1.3) 週期性邊界條件
(1.4) 其他(SHAKE/PME等)
(1.5) 量子力學簡介
(2) AMBER動力學軟體使用方法:
(2.1) NCHC 大型主機上使用AMBER方法介紹
(2.2) 核酸分子建立與模擬
(2.3) 蛋白質分子建立與模擬
(2.4) 藥物與蛋白質分子建立與模擬
(2.5) 藥物分子/蛋白質分子 結合自由能分析與模擬
(2.6) 模擬結果分析與討論
(3) Amber分子動力學/量子力學模擬方法
(3.1) Amber/Gaussian
(3.2) Amber/Gamess
(3.3) 藥物/蛋白質模擬
(3.4) 蛋白質/蛋白質模擬
(3.5) 模擬結果分析與討論
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