[問題] 關於ML tree的問題
小弟在讀paper讀到一半有一些問題
想請教各位大大
首先是關於Maximum likelihood phylogenetic tree
這棵樹 大致上理解他是用sequences出來後再去畫出來的
http://imgur.com/a/XfyXz
圖附上 雖然看得懂英文 卻看不太懂他的意思
首先他說"紅色分枝"是來自Roraima這個地方的HIV
"黑色分枝"是所有的HIV分枝
接下來下一句就看不太懂了 "灰色的BOX"代表的是甚麼呢 ?
再來"藍*""紅*"又是代表甚麼?
然後aLRT values又是甚麼意思 >0.9有什麼意義嗎 ?
最後一句 這個圖是按照比例來畫 請問是按照甚麼比例呀?
那條BAR又代表什麼呢 在哪裡有暗示nucleotide取代的點
求解
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