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[轉錄][軟體] 還蠻好用的PowerBlast

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (huggie)時間16年前 (2008/06/05 17:55), 編輯推噓3(3推 0噓 11→)
留言14則, 4人參與, 最新討論串1/1
※ [本文轉錄自 Biotech 看板] 作者: enisx (東方有比目魚,不比不行) 站內: Biotech 標題: [軟體] 還蠻好用的PowerBlast 時間: Thu Jun 5 16:11:19 2008 網址: http://www.bio-soft.net/format/PowerBlast.htm 因為要將超多條的DNA序列與實驗室已有的序列庫比對, 一條一條分別丟2blast實在會要人命.. 後來找的這個工具,初步玩了一下算是好用, 我可以將我們實驗室已有的序列庫以fasta格式寫在一個txt檔內, 然後將之載入, 如此一來我就可以在自己電腦裡blast了...無論是單條blast或是批次多條blast 都快多了..^_^ 另外,它也可以比對protein序列.. 推薦給大家玩玩看! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.72.230
推
06/05 17:55,
借轉 BioMedInfo
06/05 17:55
-- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.160.62
→
06/05 18:13, , 1F
原本的NCBI 給的blast也可以直接在自己電腦跑呀 XD
06/05 18:13, 1F
推
06/05 21:02, , 2F
對啊 架個linux sever想跑啥都行 自動丟序列自動parse
06/05 21:02, 2F
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06/05 21:02, , 3F
進資料庫,有需要的話可以再寫個web界面去取資料
06/05 21:02, 3F
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06/05 21:15, , 4F
我記得 NCBI 還有個程式是可以在linux下跑 blast NCBI db
06/05 21:15, 4F
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06/05 21:15, , 5F
忘了叫什麼了
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06/05 21:38, , 6F
樓上是說web blast還是做資料庫的formatdb?
06/05 21:38, 6F
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06/05 22:07, , 7F
都不是耶.
06/05 22:07, 7F
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06/05 22:07, , 8F
不用自己formatdb, 因為 db 就遠端 ncbi 的
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06/05 22:08, , 9F
那程式吃你提供給他的 fasta 檔案，然後就送出去query
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06/05 22:08, , 10F
command line 介面的
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06/05 22:09, , 11F
回來的檔案也很正常..就一般 blast output
06/05 22:09, 11F
推
06/05 23:42, , 12F
推formatdb.......真的很好用
06/05 23:42, 12F
推
06/06 00:07, , 13F
那個叫netblast (network-client BLAST), 在NCBI ftp
06/06 00:07, 13F
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06/06 00:07, , 14F
上面可以下載安裝,也有readme
06/06 00:07, 14F
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