Re: [問題] 請問有無方便的程式或方法可幫我解決難 …
let filename = foo.txt
open terminal and change to the directory where the file is
and type
# make a backup file
$ cp foo.txt foo.txt.bk
#clean file format
$ perl -pi -e 's/(>.*)/$1,/g' foo.txt
$ perl -pi -e 's/\s//g' foo.txt
$ perl -pi -e 's/(>.*),/\n$1\n/g' foo.txt
# extract pattern and store in foo.txt
$ perl -pi -e 's/.*(TAC.*TTT).*/$1/g' foo.txt
IMPORTANT: every sequence in foo.txt will be over write by extracted
sequence pattern.
※ 引述《enisx (東方有比目魚,不比不行)》之銘言：
: 請教各位高手,
: 我手上有外送回來定序的DNA序列文字檔(.txt)
: 裡頭大約有約700-1000條,檔案已經轉成FASTA格式了,
: 但是,我想從每條DNA序列中"擷取"出我想要的部份,
: 舉例如下:
: -------------------------------------------------------------
: >123456
: ACGTGGTTAACCTTGGCCCCTACCTCTGTGCTGTGGGGCGGATC
: TGAAAAGCTGGTCTTTGGCGTTGAAATTGTCCCAAAGTCAACGTGTGGTT
: 我想要得到如下形式
: >123456
: TACCTCTGTGCTGTGGGGCGGATCTGAAAAGCTGGTCTTT
: -------------------------------------------------------------
: 這些我想要擷取的序列都是呈現 TACXXXXXXXXXTTT 的格式,
: 因為我一直找不到好方法來做,
: 所以目前是以Emeditor打開原始的文字檔,以正規表示法標示出我想要的位置
: ,然後....一條一條地將不要的部份刪除,再將之複製貼上到另外的文字檔上 ,
: 這樣土法煉鋼還蠻笨的也花了我很多時間在這些重複性工作~~
: 想請教各位高手,是否有快一點的方法,請教教我吧!! 謝謝
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◆ From: 132.183.24.60
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