Re: [程式] 如何利用bioperl去將blastp所得到的結果做分群
※ 引述《hgsfhevil (evil)》之銘言：
: 如題
: 我知道很多程式可以處理cluster例如:blastclust 和 cd-hit
: 但是我想要直接從blastp產生的輸出格式,直接去做分群
: 我已經安裝好bioperl了
: @@有一個厚臉皮請求
: 可以請有經驗的人直接寫出來給我看嗎
: 小弟以前只用c++
: 希望根據有經驗的人寫的程式,順便學習怎麼寫perl
: 麻煩大家了
這是我在書上看到範例
#! /usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::SearchIO;
my $blast = new Bio::SearchIO(-format => 'blast',-file => $ARGV[0]);
my %Name;
my $result=$blast->next_result;
while(my $sbjct = $result->next_hit)
{
while(my $hsp = $sbjct->next_hsp)
{
$Name{$sbjct->name} = 1 if $hsp->frac_identical >= 0.0;
}
}
print join("\t", sort keys %Name) , "\n";
但是,他無法重複做分群的動作,該怎麼修改?
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