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[問題] 請問該如何將兩個蛋白質的PDB FILE 疊在一起？

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (凰呀的鳴叫~)時間15年前 (2009/10/16 14:42), 編輯推噓0(0推 0噓 10→)
留言10則, 5人參與, 最新討論串1/1
手上有兩個PDB 檔案 分別是A蛋白和B蛋白 請問我可以利用SWISS PDB VIEWER做SUPERIMPOSE （我在GOOGLE有看到可以用FIT 可是沒辦法和C檔案比較） 來看形成COMPLEX的結構？ 另外 若已知有COMPLEX的PDB結構檔C 可以再和我自己預測出來的AB-COMPLEX 檔案D與C做比較 並藉由軟體可以得到兩者差異？ PS 這雖然是作業 但是希望有會的版友可以告訴怎麼下手 並且給我一些訊息 關於可以用什麼其他免費的軟體 謝謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.77.155
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10/16 20:36, , 1F
我記得以前都是手動標的說 有人有好的方法嗎?
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10/16 23:47, , 2F
pdb的檔案一直很亂,不過你可以試試看pdb,software
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10/16 23:48, , 3F
這兩個關鍵字在google和bind.因為pdb很常用而且又複雜
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10/16 23:49, , 4F
所以一定有很多人會分享應用程式,只是看自己怎麼找關鍵
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10/19 00:59, , 5F
VMD
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SWISS PDB VIEWER 把兩個結構打開，直接 Fit-->Magic
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10/19 11:00, , 7F
Fit 即可。這是最方便的方式，若你有特別區域要疊合，
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10/19 11:01, , 8F
可選Fit molecule (from selection)
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10/25 11:44, , 9F
我後來是用pymol swisspdb也有用 謝謝
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10/25 11:44, , 10F
swiss用的就是樓上的方法
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