Re: [問題] 基因marker篩選軟體-Haploview criteri …
[恕刪]
: : 2.Tagger的視窗下
: : 設定aggressive tagging
: : (pairwise tagging only, use 2-marker haplotypes, use 2- and 3-marker
: : haplotypes)
: : 各有什麼意義?
: tagging是用一個SNP的allele去tag另一個SNP的allele.
: 舉例來說,
: SNP1 的A allele 和SNP2 的T allele必定同時出現的話,
: 那我們只需要genotype SNP1就可以獲得SNP1 和SNP2的所有資訊.
: 在這個例子中, SNP1 和SNP2 就是pairwise tagging.
: 再舉一個例子,
: 若SNP3-T allele 和 SNP4-A allele 所形成的haplotype,
: 必定和SNP5的G allele同時出現,
: 則我們可以用SNP3加SNP4來tag SNP5,
: 這可以稱為2-marker haplotype tagging.
: multiple marker tagging (相較pairwise tagging)的問題是:
: 1. 要多genotype 一些marker
: 2. 帶有特定haplotype的樣本可能不多,tagging的效果可能不好
[恕刪]
針對multi-marker的部份，我再多做一些補充，根據所讀到的paper為依據。
忘記是從哪一篇文章中看到實驗數據(等挖出來後會再補上)，3-marker與4-marker
所得的結果相近，但是4-marker需要更多的運算時間去完成。而5-marker以上
就顯得不是那麼樣的有意義了。
因此該篇文章的論是，一般研究而言，作到3-marker就很夠用了，再上去就不太
符合時間成本，因為進步的空間不太顯著。
另外感謝e大的回文，讓我終於想通multi-marker的用意在哪。原來我的思維被困在
pair-wise LD取得block上，所以一直無法理解multi-marker的好處 XD
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 203.158.52.23
※ 編輯: ChelseaFC 來自: 203.158.52.23 (07/26 23:50)
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