[問題] 基因marker篩選軟體-Haploview criteri …
※ [本文轉錄自 Biology 看板 #1CCgPZ1Y ]
作者: holybeetle (聖甲蟲) 看板: Biology
標題: [問題] 基因marker篩選軟體-Haploview criteria 設定
時間: Tue Jul 6 11:43:21 2010
【問題】：
實驗室所使用的初步gene marke篩選軟體-Haploview
1.check marker中
將minimum minor allele freq.改成0.1(排除< 0.1的基因點)
這個設定為0.1, 0.5 或0.8..的差別在於?
2.Tagger的視窗下
設定aggressive tagging
(pairwise tagging only, use 2-marker haplotypes, use 2- and 3-marker
haplotypes)
各有什麼意義?
3.r square threshold
設定在0.8有什麼統計上的意義?
4.LOD threshold for multi-marker test
軟體本身設定為3.0是依據什麼原理?
【問題起因】：
指導教授希望我去了解這些設定有何依據, 原理為何?
【個人看法】：
自己有先看過Help的部分, 但是軟體說明大多是有看沒有懂
網路上有一些關於r square的部分, 但是不知道有什麼意義
如下:
The lowest r2 set at 0.1.
The square colors in the LD triangle vary between blue (cold for LD, r2 =
0.1) to red (hot for LD, r2 = 1.0) with white squares indicating no LD (r2
<0.1).
However, r2 of 0.1 is not very useful, and many of the sites in this gene
are not in LD (more white and blue squares than red or other colors).
因為自己是半路出家的, 沒有任何基因或統計上的背景...
也很不巧的...沒有學長姐可以請教
因此希望好心人是可以提供解答或方向
非常感謝!!
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