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看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (wadasiha)時間13年前 (2011/06/23 20:01), 編輯推噓0(0推 0噓 10→)
留言10則, 3人參與, 最新討論串1/1
請問各位大大 將一條genomic DNA 序列以NCBI ORF 結果如下 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/orfig.cgi 想請問該選擇哪一條ORF 請問選的是exon最多者或是長度最長者??? 謝謝~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.183.115
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06/23 20:03, , 1F
看不到東西耶~
06/23 20:03, 1F
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06/23 20:06, , 2F
應該是看你的目的,如果是要找較可信的,就參考CCDS及EST
06/23 20:06, 2F
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06/23 20:08, , 3F
evidence, 如果要找major form,一般是找ORFs能轉出最長蛋
06/23 20:08, 3F
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06/23 20:09, , 4F
白質的那條.. 所以還是取決在你的目的
06/23 20:09, 4F
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06/23 20:11, , 5F
註:CCDS目前應該只支持mouse & human
06/23 20:11, 5F
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06/23 20:18, , 6F
http://ppt.cc/73CZ 資料為水稻的某段序列
06/23 20:18, 6F
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06/23 20:19, , 7F
請問是該選擇-1這條frame(因其能轉錄最長的蛋白質)?
06/23 20:19, 7F
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06/23 20:23, , 8F
如果你要找major form的話,直接找最長的
06/23 20:23, 8F
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06/23 20:28, , 9F
繼續點blastp是否就能得知其所比對出來蛋白質呢?
06/23 20:28, 9F
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06/23 20:33, , 10F
是的..
06/23 20:33, 10F
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