[筆記] Phylogenetic diversity 算法,R package

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者gsuper (Logit(odds))時間11年前 (2013/10/30 23:24)推噓1(1推 0噓 0→)

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已知一有根演化樹 (rooted phylogenetic tree) 8 tips (樹梢,尖端) , 4+2 internal nodes (樹節) ---------------------------------------------------------- 文字檔案如下 "123.tree" ( ( (A1:0.01,A2:0.01):0.45 , (B1:0.02,B2:0.02):0.44 ):0.54, ( (C1:0.03,C2:0.03):0.37 , (D1:0.04,D2:0.04):0.36 ):0.60 ); 冒號前方是 Node label 或 Internal node 冒號後方是 Distance from lower node to upper (edge length) **Internal node 似乎也有命名法則 , 放在文末補充 ---------------------------------------------------------- 畫出的樹型如下 root / \ / \ / \ 0.54 / \ 0.60 / \ / \ / \ M1 M2 /\ /\ / \ / \ 0.45 / \ 0.44 0.37 / \ 0.36 / \ / \ / \ / \ N1 N2 N3 N4 /\ /\ /\ /\ 0.01 / \ 0.02 / \ / \ 0.03 / \ 0.04 / \ / \ / \ / \ A1 A2 B1 B2 C1 C2 D1 D2 -------------------------------------------------------- 由文字檔案得知 Distance (A1 to N1) = 0.01 = (A2 to N1) (B1 to N2) = 0.02 = (B2 to N2) (C1 to N3) = 0.03 = (C2 to N3) (D1 to N4) = 0.04 = (D2 to N4) (N1 to M1) = 0.45 (N2 to M1) = 0.44 (N3 to M2) = 0.37 (N4 to M2) = 0.36 (M1 to root) = 0.54 (M2 to root) = 0.60 任一 tips 往上加至 root 的總和相等 (此 case 為 1) ---------------------------------------------------- PD 計算假設給資料矩陣 , 共6樣本 A1 A2 B1 B2 C1 C2 D1 D2 樣本1 1 0 0 0 0 0 0 0 樣本2 0.5 0.5 0 0 0 0 0 0 樣本3 0.5 0 0.5 0 0 0 0 0 樣本4 1 0 1 0 0 0 0 0 樣本5 0.3 0 0.7 0 0 0 0 0 樣本6 0.3 0 0.2 0 0.1 0 0.4 0 --------------------------------------------------- Ans : 樣本1 = 0.01 + 0.45 + 0.54 = 1 (左側整條相加) 樣本2 = (0.01 + 0.01) + 0.45 + 0.54 = 1.01 (由 hit tips 開始往上加 , 重複路徑不重算) 樣本3 = 0.01 + 0.02 + 0.45 + 0.44 + 0.54 = 1.56 (驗證上述) 樣本4 = 同上 (不需要 input proportion data 樣本5 = 同上 (不考慮權重關係) 樣本6 = A1->N1->M1->root B1->N2->M1 (M1->root 重複 , 不重複計算) C1->N3->M2->root D1->N4->M2 (M2->root 重複 , 不重複計算) ----------------------------------------------------- Tool::R package::picante http://phylodiversity.net/skembel/r-workshop/biodivR/SK_Biodiversity_R.html tree <- read.tree("123.tree") result <- pd(資料矩陣,tree) 比較麻煩的點 , 是準備 Tree file 這步驟得各憑本事 ----------------------------------------------------- 補充 : internal node 的命名法則 (完整呈獻此篇文章的 tree) ( ( (A1:0.01,A2:0.01)N1:0.45 , (B1:0.02,B2:0.02)N2:0.44 )M1:0.54, ( (C1:0.03,C2:0.03)N3:0.37 , (D1:0.04,D2:0.04)N4:0.36 )M2:0.60 )root; ----------------------------------------------------- 這篇是當筆記用不然過兩下我就忘了怎麼算了將來若有其他新學到的也會在此篇繼續更新 -- 我用名為真心的卡牌說服你這是我最後一張牌 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.113.239.247 ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:25) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:26) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:26) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:27) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:28) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:31) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:31) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:33) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:34) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:36) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:37) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:38) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:38) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:46) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:47) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:51) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/30 23:52) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/31 00:57) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/31 00:58) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (10/31 00:58)

推

Godkin

11/02 02:44, , 1^F

11/02 02:44, 1^F

UniFrac distance a beta distance between two samples based on phylogenetic tree Asample Bsample Bacteria1 0.3 0 Bac2 0 0.2 Bac3 0.5 0.8 Bac4 0.2 0 資料矩陣是 proportion 我改天繼續更新這篇 ※ 編輯: gsuper 來自: 219.70.232.197 (02/07 22:46)