Fw: [討論] Torrent Suite 5.18開源軟體安裝與執行

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者keroromoa (說再多也只為保護自己)時間1年前 (2023/09/14 19:48)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ [本文轉錄自 Biotech 看板 #1b0lBKke ] 作者: keroromoa (說再多也只為保護自己) 看板: Biotech 標題: [討論] Torrent Suite 5.18開源軟體安裝與執行時間: Thu Sep 14 19:47:25 2023 最近在比較不同的 Torrent Suite 版本在大約15~30bp的insertion/deletion/deletion-insertion variant calling狀況， Thermo在github有釋出 Torrent Suite 開源版本 https://github.com/iontorrent/TS/tree/master#readme-ov-file 但不論環境是否直接在伺服器上操作或使用Docker環境，在安裝和操作看起來都要透過 http://updates.iontorrent.com 去下載安裝和執行需要的相關dependency，但這個網站已經掛很久了，看biostar的討論似乎掛了好幾年，也沒有找到替代的解決方法想請問是否有板友有使用過 Torrent Suite 開源版本，在遇到iontorrent update網站掛掉的狀況，有找到替代的方式去抓到這些dependency，或是用替代的方式執行variant calling嗎補充一下是想要拿bam file來做TVC stand-alone variant calling 謝謝各位協助~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 203.67.254.159 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1694692052.A.BA8.html ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ※ 轉錄者: keroromoa (203.67.254.159 臺灣), 09/14/2023 19:48:02