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討論串[問題] Construct Phylogenic Tree
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#1
[問題] Construct Phylogenic Tree
推噓1(1推 0噓 1→)留言2則，0人參與, 最新作者david31408 (希望你沒事)時間16年前 (2008/06/03 14:11), 編輯資訊
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我想請教大家一下有關於畫親緣樹的問題. 一般來說是不是都要有一個root???. 例如我的序列是1984-2007. 那我需不需要挑兩三條1920 1930 1940之類的outlier來當root??. 還是其實只要一條就夠了???. 另外如果今天要看A 血清型 跟B C血清型(就是畫在同一棵樹上
(還有71個字)
#2
Re: [問題] Construct Phylogenic Tree
推噓3(3推 0噓 3→)留言6則，0人參與, 最新作者realism時間16年前 (2008/06/03 16:26), 編輯資訊
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有點不太懂你講的 首先我想離清的問題是. 你想畫的是演化樹 還是只是一般multiple sequence alignment出來根據相似程度. 所畫的tree 前者需要比較嚴謹的過程(挑選substitution model, etc.). 另外你說的root 是outgroup嗎? 挑選outg
(還有205個字)
#3
Re: [問題] Construct Phylogenic Tree
推噓14(14推 0噓 22→)留言36則，0人參與, 最新作者david31408 (希望你沒事)時間16年前 (2008/06/03 22:13), 編輯資訊
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就是登革病毒有四種血清型. 這邊有不同年代的 然後我想看這些病毒的關係. 可是因為有四種但我想要表達在同一棵樹上. 例如:. -------- A. ---|------ B 這三個屬於第一型. | |. | ------ C. | D. |----/ 這兩個屬於第二型的. . \. . E. ..
#4
Re: [問題] Construct Phylogenic Tree
推噓1(1推 0噓 11→)留言12則，0人參與, 最新作者david31408 (希望你沒事)時間16年前 (2008/06/04 15:34), 編輯資訊
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我在用流感病毒說明一下我的問題好了. 如果真的要放outgroup的話. 那我那個group是不事就要放例如1918~1933年的strains(就幾株比較有名的). 然後中間空很多年. 之後放一些比較近代的. 1996-2008年的病毒這樣子. 1918. 1920 ----> outgroup.
(還有6個字)
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