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Re: [問題] Construct Phylogenic Tree

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (希望你沒事)時間16年前 (2008/06/03 22:13), 編輯推噓14(14推 0噓 22→)
留言36則, 6人參與, 最新討論串3/4 (看更多)
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06/03 21:47,
另外我不太了解你描述序列的方式耶??
06/03 21:47
推
06/03 22:04,
Virus
06/03 22:04
就是登革病毒有四種血清型 這邊有不同年代的 然後我想看這些病毒的關係 可是因為有四種但我想要表達在同一棵樹上 例如: -------- A ---|------ B 這三個屬於第一型 | | | ------ C | D |----/ 這兩個屬於第二型的 . \ . E . . . 這樣 我需要每型都放一個年代久遠的病毒株嗎??? 謝謝^^ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 118.168.203.227
推
06/03 23:09, , 1F
我是認為不用吧 為什麼你會認為需要呢?
06/03 23:09, 1F
→
06/03 23:14, , 2F
看他的個別演變的情形?
06/03 23:14, 2F
推
06/03 23:29, , 3F
如果你也有這個目的的話當然可以放...總之看目的而定
06/03 23:29, 3F
推
06/03 23:43, , 4F
it's perfect, you do not need out-group.....
06/03 23:43, 4F
→
06/03 23:44, , 5F
well, I am not good in virus evolution....
06/03 23:44, 5F
推
06/03 23:48, , 6F
OK 說明一下 對於virus和bacteria這種演化快速的東西,
06/03 23:48, 6F
→
06/03 23:49, , 7F
取樣的時間先後和演化的時間先後並沒有絕對的關係, 所
06/03 23:49, 7F
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06/03 23:50, , 8F
以如果只是要分類看遠近關係(不含時間軸)就不用放out
06/03 23:50, 8F
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06/03 23:51, , 9F
group, 此時會是unrooted tree. 但如果要加進時間軸上
06/03 23:51, 9F
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06/03 23:52, , 10F
的關係, 就可以加進outgroup,然後以此當作root,就可以
06/03 23:52, 10F
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06/03 23:52, , 11F
得到含有時間軸訊息的rooted tree
06/03 23:52, 11F
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06/04 01:03, , 12F
謝謝 我了解了^^
06/04 01:03, 12F
推
06/04 09:41, , 13F
就 tree 的定義來說 即使拉出了外群 通常還是 unrooted tree
06/04 09:41, 13F
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06/04 09:42, , 14F
尤其如果是建立 ultramatric tree 的話 ...... 小小的意見
06/04 09:42, 14F
推
06/04 09:47, , 15F
這個例子其實想看的應該是 clustering 並不是 evolution
06/04 09:47, 15F
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06/04 09:49, , 16F
拉一個 outgroup 進來有時反而會礙事 ...
06/04 09:49, 16F
推
06/04 09:55, , 17F
我也覺得用MSA-->cluster耶 可以問一下你使用時麼軟體畫嗎
06/04 09:55, 17F
推
06/04 10:18, , 18F
不不 我講的和Russ講的不是同一件事,我說的是用NJ之類
06/04 10:18, 18F
→
06/04 10:19, , 19F
的先建一個unrooted tree,此時和molecular clock無關,
06/04 10:19, 19F
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06/04 10:21, , 20F
也不是ultramatric tree, 在這情況下就類似clustering
06/04 10:21, 20F
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06/04 10:25, , 21F
,只能得到彼此距離關係而不知時間先後,但此時若以預先
06/04 10:25, 21F
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06/04 10:27, , 22F
加入的outgroup為root把整個tree拉起,就可以得到時間
06/04 10:27, 22F
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06/04 10:29, , 23F
上的先後關係了
06/04 10:29, 23F
推
06/04 10:32, , 24F
剛發現wiki上Neighbor-joining這頁有提到一點這樣的概
06/04 10:32, 24F
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06/04 10:32, , 25F
念,有興趣可以去看看^^
06/04 10:32, 25F
推
06/04 11:34, , 26F
如果你的關係是要做genotyping的話,並沒有一個root的必要
06/04 11:34, 26F
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06/04 11:36, , 27F
畢竟這個root是什麼並沒有意義, 用NJ algorithm即可
06/04 11:36, 27F
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06/04 11:39, , 28F
至於molecular clock選擇也沒太大的意義, 因為病毒演化速度
06/04 11:39, 28F
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06/04 11:42, , 29F
第一快速,第二會被免疫系統影響,用簡單的演算法很難推斷
06/04 11:42, 29F
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06/04 11:43, , 30F
從序列很難病毒演化的推斷前後關係
06/04 11:43, 30F
推
06/04 11:47, , 31F
想更了解病毒演化的推算可讀Korber B, Science 2000
06/04 11:47, 31F
推
06/04 11:49, , 32F
DJ Smith, Science 2004.
06/04 11:49, 32F
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06/04 13:43, , 33F
恩 我是用NJ畫的...
06/04 13:43, 33F
推
06/04 14:06, , 34F
喔喔 比較清楚一點了
06/04 14:06, 34F
→
06/04 15:17, , 35F
那OUTGROUP要放多少 放一群年代久遠且相近的??
06/04 15:17, 35F
推
06/04 19:28, , 36F
同意lingon
06/04 19:28, 36F
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