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Re: [問題] Construct Phylogenic Tree

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (希望你沒事)時間16年前 (2008/06/04 15:34), 編輯推噓1(1推 0噓 11→)
留言12則, 3人參與, 最新討論串4/4 (看更多)
推
06/03 23:09,
我是認為不用吧 為什麼你會認為需要呢?
06/03 23:09
→
06/03 23:14,
看他的個別演變的情形?
06/03 23:14
推
06/03 23:29,
如果你也有這個目的的話當然可以放...總之看目的而定
06/03 23:29
推
06/03 23:43,
it's perfect, you do not need out-group.....
06/03 23:43
→
06/03 23:44,
well, I am not good in virus evolution....
06/03 23:44
推
06/03 23:48,
OK 說明一下 對於virus和bacteria這種演化快速的東西,
06/03 23:48
→
06/03 23:49,
取樣的時間先後和演化的時間先後並沒有絕對的關係, 所
06/03 23:49
→
06/03 23:50,
以如果只是要分類看遠近關係(不含時間軸)就不用放out
06/03 23:50
→
06/03 23:51,
group, 此時會是unrooted tree. 但如果要加進時間軸上
06/03 23:51
→
06/03 23:52,
的關係, 就可以加進outgroup,然後以此當作root,就可以
06/03 23:52
→
06/03 23:52,
得到含有時間軸訊息的rooted tree
06/03 23:52
→
06/04 01:03,
謝謝 我了解了^^
06/04 01:03
推
06/04 09:41,
就 tree 的定義來說 即使拉出了外群 通常還是 unrooted tree
06/04 09:41
→
06/04 09:42,
尤其如果是建立 ultramatric tree 的話 ...... 小小的意見
06/04 09:42
推
06/04 09:47,
這個例子其實想看的應該是 clustering 並不是 evolution
06/04 09:47
→
06/04 09:49,
拉一個 outgroup 進來有時反而會礙事 ...
06/04 09:49
推
06/04 09:55,
我也覺得用MSA-->cluster耶 可以問一下你使用時麼軟體畫嗎
06/04 09:55
推
06/04 10:18,
不不 我講的和Russ講的不是同一件事,我說的是用NJ之類
06/04 10:18
→
06/04 10:19,
的先建一個unrooted tree,此時和molecular clock無關,
06/04 10:19
→
06/04 10:21,
也不是ultramatric tree, 在這情況下就類似clustering
06/04 10:21
→
06/04 10:25,
,只能得到彼此距離關係而不知時間先後,但此時若以預先
06/04 10:25
→
06/04 10:27,
加入的outgroup為root把整個tree拉起,就可以得到時間
06/04 10:27
→
06/04 10:29,
上的先後關係了
06/04 10:29
推
06/04 10:32,
剛發現wiki上Neighbor-joining這頁有提到一點這樣的概
06/04 10:32
→
06/04 10:32,
念,有興趣可以去看看^^
06/04 10:32
推
06/04 11:34,
如果你的關係是要做genotyping的話,並沒有一個root的必要
06/04 11:34
→
06/04 11:36,
畢竟這個root是什麼並沒有意義, 用NJ algorithm即可
06/04 11:36
→
06/04 11:39,
至於molecular clock選擇也沒太大的意義, 因為病毒演化速度
06/04 11:39
→
06/04 11:42,
第一快速,第二會被免疫系統影響,用簡單的演算法很難推斷
06/04 11:42
→
06/04 11:43,
從序列很難病毒演化的推斷前後關係
06/04 11:43
推
06/04 11:47,
想更了解病毒演化的推算可讀Korber B, Science 2000
06/04 11:47
推
06/04 11:49,
DJ Smith, Science 2004.
06/04 11:49
→
06/04 13:43,
恩 我是用NJ畫的...
06/04 13:43
推
06/04 14:06,
喔喔 比較清楚一點了
06/04 14:06
→
06/04 15:17,
那OUTGROUP要放多少 放一群年代久遠且相近的??
06/04 15:17
我在用流感病毒說明一下我的問題好了 如果真的要放outgroup的話 那我那個group是不事就要放例如1918~1933年的strains(就幾株比較有名的) 然後中間空很多年 之後放一些比較近代的 1996-2008年的病毒這樣子 1918 1920 ----> outgroup 1928 1933 空 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 main group 2003 2004 2005 2006 2007 2008 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.119.123
→
06/04 21:22, , 1F
1920 strain 如果跟1996-2008的strain相差很大,差距到
06/04 21:22, 1F
→
06/04 21:23, , 2F
他們根本就是不同的genotype, 那就可以這樣做
06/04 21:23, 2F
→
06/04 21:24, , 3F
對於自然演化速度慢的生物以時間來假設演化差距是可行的
06/04 21:24, 3F
→
06/04 21:25, , 4F
但對於演化速度快又長期受到強烈演化壓力的病毒
06/04 21:25, 4F
→
06/04 21:26, , 5F
時間跟演化差距成正比的假設不一定成立, 就如influenza
06/04 21:26, 5F
→
06/04 21:28, , 6F
年代久遠的strain還是有可能在近代出現, 在樹上這些strain
06/04 21:28, 6F
→
06/04 21:29, , 7F
會變成同個branch(genotype).
06/04 21:29, 7F
→
06/04 21:30, , 8F
對於你的問題,1你不需要root, 2.你如果一定要outgroup
06/04 21:30, 8F
→
06/04 21:31, , 9F
用序列差距跟其他最大的strain來做當root
06/04 21:31, 9F
推
06/05 00:48, , 10F
Exactly!
06/05 00:48, 10F
→
06/05 01:30, , 11F
恩　的確influenza蠻有機會re-emerged
06/05 01:30, 11F
→
06/05 01:31, , 12F
謝謝^^
06/05 01:31, 12F
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