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討論串[問題] 想找那些蛋白質有特定的motif
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#1
[問題] 想找那些蛋白質有特定的motif
推噓3(3推 0噓 2→)留言5則，0人參與, 最新作者HAVEaCAT (有隻貓)時間16年前 (2008/06/03 22:47), 編輯資訊
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就是... 如果我知道一段 短短的motif 只有4個胺基酸. 不過其中2個胺基酸是隨機的 例如 XTXV (X是都可以的氨基酸). 我本來想利用blast找 可是發現好像不能這樣用. 那我還有甚麼方法可以 在database中 尋找所有帶有這一小段motif的蛋白質呢??. 會有motif太短 找
#2
Re: [問題] 想找那些蛋白質有特定的motif
推噓6(6推 0噓 9→)留言15則，0人參與, 最新作者cot123 (cot)時間16年前 (2008/06/03 23:02), 編輯資訊
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可以試試EMBOSS裡面的fuzzpro. http://www.bioinfo.hku.hk/EMBOSS/. 在左邊選單的protein motifs這一個分類下. 貼上sequences 把pattern也打上 如你的情況就是 XTXV. pattern怎麼寫請參照說明文件. http://b
(還有16個字)
#3
Re: [問題] 想找那些蛋白質有特定的motif
推噓1(1推 0噓 0→)留言1則，0人參與, 最新作者realism時間16年前 (2008/06/04 09:49), 編輯資訊
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我想這麼短的motif 應該會配合上其他的feature吧 比如說旁邊另外有. coiled coil, signal pepetide, TM motif之類的 配合著找可能比較好喔 ^^. --. ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc). ◆ From: 61.230.91.240.
#4
Re: [問題] 想找那些蛋白質有特定的motif
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者hgsfhevil (evil)時間16年前 (2008/06/04 23:54), 編輯資訊
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你這些小片段的來源是?. 生物資訊很多都在分析motif. blast也可以用,只是你會找出一堆結果,99%以上,不會是你要的. 通常小片段分析,要先搞清楚database,query. 不然會出現一堆不知道對錯的結果喔. ps:過來人的心聲,哀,我到現在也不確定ESE motif是對的嗎?. --
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