Re: [問題] 想找那些蛋白質有特定的motif
我想這麼短的motif 應該會配合上其他的feature吧 比如說旁邊另外有
coiled coil, signal pepetide, TM motif之類的 配合著找可能比較好喔 ^^
※ 引述《cot123 (cot)》之銘言：
: ※ 引述《HAVEaCAT (有隻貓)》之銘言：
: : 就是... 如果我知道一段 短短的motif 只有4個胺基酸
: : 不過其中2個胺基酸是隨機的 例如 XTXV (X是都可以的氨基酸)
: : 我本來想利用blast找 可是發現好像不能這樣用
: : 那我還有甚麼方法可以 在database中 尋找所有帶有這一小段motif的蛋白質呢??
: : 會有motif太短 找不到的問題嗎
: : 麻煩大家了 謝謝:)
: 可以試試EMBOSS裡面的fuzzpro
: http://www.bioinfo.hku.hk/EMBOSS/
: 在左邊選單的protein motifs這一個分類下
: 貼上sequences 把pattern也打上 如你的情況就是 XTXV
: pattern怎麼寫請參照說明文件
: http://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=manual&_app=fuzzpro
: submit就可以等結果了
: 另外也可以使用一些支援regular expression的工具 也是蠻適合的
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 61.230.91.240
推
06/04 21:37, , 1F
06/04 21:37, 1F
討論串 (同標題文章)
本文引述了以下文章的的內容：
完整討論串 (本文為第 3 之 4 篇)：
BioMedInfo 近期熱門文章
PTT職涯區 即時熱門文章
