[問題] 想找那些蛋白質有特定的motif

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (有隻貓)時間16年前 (2008/06/03 22:47), 編輯推噓3(302)
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就是... 如果我知道一段 短短的motif 只有4個胺基酸 不過其中2個胺基酸是隨機的 例如 XTXV (X是都可以的氨基酸) 我本來想利用blast找 可是發現好像不能這樣用 那我還有甚麼方法可以 在database中 尋找所有帶有這一小段motif的蛋白質呢?? 會有motif太短 找不到的問題嗎 麻煩大家了 謝謝:) -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.79.65

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motif太短不是找不到 是會找到太多false positive
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你這東西要用prosite找才對 不過pattern真的太短了
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我也是覺得pattern太短了 不過說不定是舉例?
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若是 enzyme cutting site 另外有軟體可用..
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06/03 23:29, , 5F
謝謝^^ 我想找的只有4個胺基酸 屬於binding motif的
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文章代碼(AID): #18HLcRPs (BioMedInfo)
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